同じ規格（ATA33など）のHDDでもメーカー、型番によって速度はかなり異なると思いますので、このような比較は出来ないと思います。具体的な型番を書けばある程度分かると思いますよ。（ATA33で50GBのHDDは存在しないと思うのですが。）

　どうも、領域確保やフォーマットが完了するまでの時間とか、スキャンディスクが完了するまでの時間で、速いのはどれ？　と質問されているように見受けられます。
　ならたいしてHDDの規格は影響しない気がするんですが……。単純に、容量が大きいほど遅くなるだけのような。回転速度は影響するかもしれませんね。

インターフェースと回転数と容量が同じでも世代によってアクセス速度は変わります

同一メーカー同世代で回転数だけが違うモデル間の比較の場合、
DSPが共通の場合が多いので連続転送速度はほとんど同等であることが多いです。
(回転数が高いモデルは代わりに記録密度が低くなっている)
高回転モデルの利点は目的のセクタまでの回転待ち時間が短縮されること、
すなわちランダムアクセス性能向上の一点に尽きます。

回答になるかどうかわかりませんが、私の自作機には
マスターにATA100の7200rpm30GB（起動10G DATA20G）
スレーブにATA100の5400rpm20GB
が接続されています。一応「ビデパソ」の状態になっているので、
時におもしろそうな番組を瞬間的に録画して楽しんでいるのですが、
MPEG1の「ビデオＣＤモード　最高画質」でリアルタイムキャプチャーを
してみると（CPU P3 933MHz メモリ256MB チップintel815Eで）
7200rpm コマ落ち　０
5200rpm コマ落ち　約3000フレーム中15フレーム
というような状況です。
目で見てわかるようなレベルではないので気にする必要ないかも知れませんが、
キャプチャーの際は7200rpmのドライブを指定しています。
素人考えで申し訳ないのですが、この結果から一つ言えることは、
「5400rpmではATA100の帯域を使い切れていない」
ということではないでしょうか。

このテの情報が沢山集まるとご質問の回答になるかとは思いますが。
とりあえず一つの参考にしてみて下さい。

> 7200rpm コマ落ち　０
> 5200rpm コマ落ち　約3000フレーム中15フレーム
これに関しては5200(5400?)rpmのHDDをセカンダリーに接続すれば、解決するかもしれませんよ。

> 「5400rpmではATA100の帯域を使い切れていない」
この場合「帯域」という言葉は合わない気もしますが、ATA100と言うのはあくまで規格であって実際のHDDの速度はもっと遅いですから、例え最新の7200rpmのIDE-HDDでも66MB/secに達するのがやっとではなかったかと思います。

＞最新の7200rpmのIDE-HDDでも66MB/secに達するのがやっとではなかったかと思います

　例えばSeagate Barracuda ATA IV ST380021A(ATA100 7200rpm)で555Mbit(69.38MB)/secが理論最大値ですね。実際の性能はこれよりも落ちるでしょう。

5400rpm・プラッタ容量（円盤？）30Gbと7200rpm・プラッタ容量20Gbの比較では、ほぼ同じ値です。ですから回転数のみで転送速度を選ぶには疑問です。またプラッタ容量の増やし方もトラック密度・線密度を増やすのと二通りがあります。当然線密度の方が速度が高いと思います。
また、友人が”内蔵のATA100よりもATA100カードのほうが軽いようである”。憶測ですがCPUの使用率？の関係かなと思います。
回答にならないかもしれませんが、参考までに
（個人的にはSCSIがいいな〜）

シーケンシャルアクセスの場合は差が出ないことも多いですが、ランダムアクセスとなると、回転数が高く、トラック密度が近い方が高速になります。
回転待ち時間やシークタイムの差が影響するからです。
ベンチマークでは差がでなくても、実際にWindowsアプリケーションなどを使うと、7200rpmの方が、理屈の上では高速ということになります。それが体感できるかどうかと言うのは、また別の要素が絡んでくるので一概にはなんとも言えませんが。