ISAバスにビデオカードをつけて起動してください
画面が映らなくても起動はできるなら、AUTOEXEC.BATにBIOS復旧のコマンドを書いて実行させることもできます

BIOSの復旧方法が英語で書いてあり、また、対話式になっているような事が書いてありましたので
autoexecにどう記述すればいいか判らないのです。

ISAバスのビデオカードは持っていないので、自動実行しかないようなのですが
アップデートＦＤを作れないでいます。

起動自体は出来ています。

Matrox製以外のAGPビデオカードを用意して、起動時にそちらを優先するようにすれば
対話形式で修復が行えるはずですが。それは試しましたか？

他にはビデオカードが無いので、出来ればＷｉｎ上でアップデート用ＦＤを作って
ＦＤブートで自動書き換えしたいのです。
ただ、マザーのＢＩＯＳの時と勝手が違って、アップデートＦＤをどう作っていいか
判らないのです。

いじっていると、アクセスが出来ないので、返事が遅れてしまいました。
申し訳有りません。

…今アクセスしているPCにMillennium2は付かないのでしょうか？

MIL2のＢＩＯＳが飛んでいても、起動はするんです。
ですから、Ｗｉｎが立ち上がってしまえば画面はでます。
ただ、Ｗｉｎ起動前の画面とＤＯＳ起動時の画面が何も出ないので
アップデートが出来ない状況なのです。
当然、マザーのＢＩＯＳも全く変更できない状況です。

説明が下手で申し訳有りません。

つまり、持っているPCはその、今アクセスしているものだけで、その唯一の環境がMillennium2PCIで、BIOSが飛んでいるがWindowsの起動まではできる…と。

やはりここでしょうか。BIOSが飛んだ状態から復旧ディスクを作る方法も取り上げられています。
http://www1.mahoroba.ne.jp/~youichi/

Matroxな話題の掲示板はここ
http://www1.mahoroba.ne.jp/~youichi/

皆様から頂いた情報を元に試行錯誤した結果、何とか復旧できました。
最終的には、毎黒仮節渡万 さんから頂いた
http://www1.mahoroba.ne.jp/~youichi/
こちらの情報が役に立ちました。
Ｇ２００の情報でしたが、情報を読み替えることで方法を、
さらに
http://www1.mahoroba.ne.jp/~youichi/
こちら（英文）を参考にして、ＢＩＯＳファイルを特定し
復旧にこぎ着けました。

ただ、PINファイルが無いと完全な復旧は出来ない事も判り
愕然としていたところ、何気なくアップデート用ファイルに紛れていた
見慣れぬテキストファイルを見つけ、中身を確かめたところPINファイルでした。
訳も分からず試行錯誤していたときに、偶然出来ていた物と思われます。
本来は、事前にPINファイルを抜き出さなくてはならなかったのですが
画面が見えないため、どうしていいか判らなかったのです。

しかし、本当にこれでいいか判らなかったので、取りあえず
今度はコマンドプロンプトから操作し、PINファイルと思われるものを追加して
再度アップデートしました。結果、ほぼ復旧できました。

起動時にＶＧＡ−ＢＩＯＳのメッセージは出ませんが、機能的には問題ないです。
ＤＯＳ画面も、マザーのＢＩＯＳ画面も全く問題有りません。

PINファイルが無い状態ではＷｉｎ上でもリフレッシュレートや解像度が制限され
ＳＸＧＡ以上は変則的な解像度しか選べませんでした。
(縦が1024以上は項目が出ない）

作ったアップデートＦＤは大事に保管しておきます。
本当にありがとうございました。