前面下に吸気がいいんですけどね…。
これだと電源(排気として)まで空気が流れるので、ケースの中全体を循環させられます。

でも前面にファン取り付け場所があるのに、フタの方に穴がないとか間抜けなものもありまして(私のがそうだ！)。

電源もケースファンも背面だと…ともかく最大の目的はAGPの廃熱ですから(最近のCPUはどうとでもなる)、ケースファンの方が近いですし、やっぱり排気なのかな？

毎黒仮節渡万さんの書かれているように、要はうまく空気の流れが作れればいいのではないでしょうかね？

# 私も電源が背面にあるので、前面吸気です。
# あと、吸気ファンの方が排気より強力だと効率悪そうですし、電源部分以外に排気ファンがあると電源がきちんと冷やされなさそうなど、色々考えるところがありますよね．．．

普通は背面に排気FANを追加。それでもだめなときは前面に吸気FANを追加。が良いのだそうです。最初に吸気を追加すると、ケース隙間からの気流が途絶えて熱気溜まりが生じ、ストレージ類が異常に加熱することがあるとか…。重要なのはケース内での空気の流れで、自分が何を冷やしたいか（CPUなのか、ストレージデバイスなのか、等）とか、ケースの形状でも変わってきます。

私の場合AGPカードを重点的に冷やしたいときは、PCIスロット上部にネジ止めするアーム式の２連FANを取り付け、拡張スロット部のスリットから自作のフードで直接外気を誘導して吹き付けています。

基本は吸気と排気をバランスよくとりエアフローを考えると自ずとケースごとに決まってきます
冷たい空気は暖まると上昇しますから前面下部に吸気口を設けて後方上部の電源FANで排気というのがよくあるケースでしょう
大抵追加する場合は電源の下あたりに排気FANをつけますが排気が強力な割に前面の吸気口が小さいor無い場合はFDDやCDなどの隙間から吸気しだしてしまいます
そうなると埃や塵で故障の原因になります
そういった場合は排気量とバランスをとる為、前面に吸気FANを付けると良いです
この基本さえ押さえておけば、後はみなさんの言われるように重点的に冷やしたい物へのエアフローを考えればいいです
アクリル板でもあれば側板を１枚外してそこにあてながら線香でも吸入さすと空気の流れがよくわかります(^^;;

線香でもタバコでもいいですがHDDは止めておきましょう…

皆さん、アドバイスありがとうございました。

結局のところ前面を吸気、背面を排気にしました。
しかし、フルサイズ超のVoodoo5が邪魔で空気が上に
流れていないようなので、空いている5インチベイに
フィルターを付けて空気の流れを作りました。