IBMのPC-340(6560)での話なんですが、
オンボードのGAの認識すら失敗する場合があります(実話
Millennium(NEC OEM)を増設してPnPでリソースが振れなかったので
しつこく再起動をかけまくって旨く動いたときのリソースをメモして
Win95側から手動でリソースを割り当てたところちゃんと動いたことが有ります。
この時はマザーの故障かと思ってマザー交換しましたが駄目でした。(交換したマザーは前と同じリビジョンだった)
http://www-6.ibm.com/jp/pc/home/manual/ibmpc.htmlに保守マニュアルVol.1がありますのでそれを読むことをお勧めします。
マザーボードにVGA-OFFのジャンパーが有ったと思いますが....
もしくは蓋を裏返すとジャンパーの位置が書かれていませんか?
IBM SuperPathBIOSだとおもいますがアレはBIOS自体では何の操作も出来ないので
OSなりジャンパーなりで設定するはずです。