AGPバスはノースブリッジ直結の専用バスになっています。オンボードVGAも最近のマザーボードAGP接続が多いです。同じチップ、メモリ容量なら性能の差はないと思います。
TNT2M64とMXですが同じNvidiaのチップですのでネットで調べればすぐ分かると思うのですが。TNT2M64はMXの2世代前のチップです。3Dとなると圧倒的にMXが上です。
TNT2M64はオンボードチップとしてはかなり速いチップですがオンボードVGAである以上3Dは期待してはいけないと思います。(3Dに必要なメモリが絶対的に少なめです)

オンボードがPCI接続でAGPスロットが空けてあるような奇特なマザーも一部にありますが、オンボードのビデオは基本的にAGPを塞いでしまうので(815やProSavage系など最近のチップセット統合型だとAGPスロットが出せますが)、将来交換する気があるならオンボードは避けるのが無難かと。