使用目的によってかなり変わってくると思いますが。
ベンチマークだとTNT2の方が少し上になると思いますがSavage2000は機能豊富でベンチに現れない魅力があります。
TNT2もSavage2000もちょっと古いチップなのでAGPの帯域がさほど必要な感じはしません。
PCIでも十分いけると思います。
ただ絶対的な能力は当たり前ですがAGPバスの方が上ですので、最近のグラフィックチップでは結構バスの差が出ます。

性能とは3Dの性能のことですよね
接続されているバスの性能というものは結構重要で、PCIのビデオカードは一般的に同じチップを使ったAGPのビデオカードより遅くなります
しかし中には、Voodoo系のようにあまり差が出ないものや、GeForce2MXのようにドライバのバージョンアップで劇的に改善するものなどもあります

PCIのSavage2000とAGPのRivaTNT2ならほぼ同じ性能だと思います

今TNT2を使っていてPCIのSavage2000に買いかえるよりはPCIのMillenniumG450やRadeon、GeForce2MX、Voodoo4、Voodoo5にするほうがいいですよ
性能、コストパフォーマンス共に上です

議論になりそうなのであまり言いたくないですがVoodooシリーズはお勧めしない方が良いのでは。メーカーの再建も多分無いですし。ドライバも今では有志の方が作っているだけですよね、確か。

チップセットにもよるとおもいますがATAが100も占有します。
その上でPCIということは苦しいです。
ビジネスアプリならどちらでも問題は無いとおもいます。

Graphics Blaster RIVA TNT での比較になりますが、
AGP 版のほうが PCI 版よりもよいベンチマーク結果を得ます。
ただし、オフィスアプリケーションでは違いがわかりません。
しばらく２枚挿しして使っていました。
なお、 RAGE PRO PCI と G200 AGP では雲泥（？）の差でした。

同じチップを採用したグラフィックボードでも結構な性能差が出る場合も有りますので、
Savage2000とTNT2の具体的なボードをターゲットにしてコストと性能を見当した上で
選ぶと良いと思います。
2D性能で言えば、PCIでもAGPでもさほど大きな差は出ないと思います。
3D性能で言えば、PCIとAGPの性能差は出ると思います。しかし、その3Dソフトの重さで大分
違ってくると思います。VRAMに収まりきるぐらいの比較的小さめのソフトですと両者の差は
それ程大きくは違ってこないかもしれません。ですが、VRAMに収まりきらない大きめのソフト
になりますと、その差は大きくなってくると思います。
ですのでPCI版である程度のパフォーマンスを期待するのでしたらオンボードVRAMの容量は
比較的重要なポイントだと思います。
VRAM容量を超える様な状態になるとAGPとPCIの性能差は特に大きくなると思いますので・・・