元々なんの目的があって塗るのかと言うことを知っていれば認識度も増しますね。(なんか変な日本語だ・・・)
もともとCPUとヒートシンクを擦り合わせた際、多少なりとも出来る隙間を少しでも埋めるべく充填する物です。
つまり、まずヒートシンクとCPUが「直接密着する事」が主目的であって、まっ平で鏡のようにピカピカに磨いてあれば、そんなもんなくても密着するので不用なのです。
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http://unit_cooler.gacha.co.jp/のオーダーメイドにあるように鏡面加工を請け負ってくれるメーカーもありますね。
PPGAパッケージのCPUは表面に文字が彫ってあったりするので必要かと思いますが、FC-PGAパッケージは中央の発熱する部分はツルツルなので、(ヒートシンク側がツルツルならば)個人的には塗らなくてもOKだと思ってます。
私の自作機はコア欠けが不安なので2枚500程のプラ製スペーサーを噛ませた後、リテールヒートシンクの中央に塗ってある「何か」(笑)に任せてそのまま付けちゃいました。
外側の緑の部分は発熱体ではないので、こことヒートシンクを高い熱伝導体を使って密着させる意味はなにもないと思うんですが・・・(^^;