うーん、OCRというのは万能ではありませんので、ちょっとした気配りで認識率がガラリと変わってきます。とりあえず・・・・

1.原稿が傾いてないか
2.原稿が汚れたりかすれたりしてないか
3.読み取り解像度は適切か（読んdeココ！！だと400dpiくらいが適切のような気がします）

といったくらいしか思いつきませんが（汗）。ウチではGT-9600と付属の読んdeココを使っていますが、これらをきちんとやれば認識率は極めて高かったです（物によっては99%以上）。

これらの点について既にご存知でしたら済みません（^^;;）。

デンドロビウムさんのレスに追加ですが…
知人が学習塾で使用する問題を作成するのにOCRソフトを使用していますが、

1.読み取らせる文章中に外字や図形が入っていると精度が落ちる
2.英語の文章等、小さい文字は拡大コピーしたのを読み取らせると精度が上がる
3.原稿やスキャナの原稿を置く部分が汚れていると、文字を判別し辛いので精度が下がる
4.読み込ませる原稿に、変なフォントを使ってあると読み込み精度が下がる

などと言っていたような気がします。