FASTTRAK66を使っています。マニュアルは英語なので読んだことありませんが、オンボードのIDEポートがFASTTRAK66と同時に使えない、という話は聞いたことありません。
実際、うちではFASTTRAK66にHDDを2台接続、オンボードIDEも2つとも有効にしてCD-ROM、DVD-ROM、HDDを接続しています。
まったく問題なく動作しています。
余談ですが、Ultra66も、オンボードIDEと共存可能です。

以前FASTTRAKを使い、現在FASTTRAK66を使っております。
YUさんがFASTTRAK66について書かれているようなので、初代について補足を。
自分の環境では、FASTTRAKにHDDを2台接続し、オンボードIDEも2つとも有効にしてプライマリにHDD、
CD-ROMをセカンダリに接続していました。（現在そっくりFASTTRAK66に引き継いでます。）
それに加えBOOTはIDEのHDDから行い、高速なFASTTRAK接続のHDDは、ビデオキャプチャー専用の
編集用ドライブとして使っています。
そのうえFASTTRAK側のHDDにもBOOT領域を確保して、BIOSでIDE/SCSIのBOOTを切り替えて別環境で起動ということも可能です。
最後に、気になってマニュアル（英文）を見たのですがCD-ROMや、IDEコントローラーは変える必要が
無いと書いてあったように思えるのですが・・・

確かUltra66の場合は、確かプライマリマスターが使えないはずです。
FASTTRACKの場合に当てはまるかどうか分かりませんが、
とりあえずセカンダリマスタとかセカンダリスレーブにCDを繋げばどうでしょう？

皆さん、どうもありがとうございます。m(．．)m

＞チュンシーさん
ちょっとマニュアルが見あたらないんですけど、確か「内蔵 IDE I/Fは disableに．．．」って書いてあったと思ったんです。
で、試しに内蔵 IDE I/Fを enableにしたところ、「IRQが取得できない」みたいなエラーが出てやっぱり起動しないんです。
FastTRAKを挿しているスロットの問題のような気もするので、スロットを変えて試してみますね。

＞赤い魔法使いさん
あっと、実は CD-ROMドライブではなくて、HDDを買い足そうと思っているんです。オリジナル音楽 CDを作ろうと思って家中の CDから WAVに吸い上げていたら容量が足りなくなってしまいまして．．．

もうちょっと今の FastTRAKで調べてみて、どうせだったら、UATA100対応の FastTRAKを待ってみますね。

マニュアルでしたらPROMISEのホームページにゆけば手に入りますのでそちらで確認されてみてはどうでしょうか。
>試しに内蔵 IDE I/Fを enableにしたところ、「IRQが取得できない」みたいなエラーが出てやっぱり起動しないんです。
IRQを手動で取得させてみてはいかがでしょうか？自分も最初自動設定を試みましたが、SCSI（BIOSは殺してる）・SOUND・LANのPCI４本になると他の空きデバイスを排除してもダメだったので、手動で設定してやりました。
それとPCI1はFASTTRAK66がAGPのGAと競合してダメでした。初代は大丈夫だったのですが・・・

よねよねさん、HDD増設を目指してがんばってください。5400回転クラスなら初代FASTTRAKでもじゅうぶん現役です。いざというときはもう１個HDDを買ってディスクアレイをもう1個確保するという手があります（爆）