「HDD次第」です。
ただし「Windows2000を活用する」とか
「スキャナで巨大な解像度を取り込む」際には、圧倒的にSCSIが有利です。
AtlasVあたりが静粛性と性能が両立しています。

金額面を考えたら絶対ATA100ですよ。
45GBの７２００回転HDDが21000円で買えるんで。
コストパフォーマンスは申し分ないかと。
ま動画とかやるならSCSIの方が良いという事になりますが・・・
さて用途は何に？

早速のレス有り難う御座います。
実はシステム関係とDATAを入れるのならATA100でRAID-0(30GB×2)を組むか、
システム関係だけをU160(9GB)入れるのがいいのか悩んでいたのですが、
価格的にも同じぐらいになると思うので・・・。
それというのも最近マザーボードを買い替えようかなと思っていて、
DUAL仕様でIDE-RADEがオンボードの物か、U160がオンボードの物かどちらに
しようか迷っていたのですが・・・用途ですがＣＡＤ等で３ＤＣＧがさくさく
できないかなと思っています。

＞ＣＡＤ等で３ＤＣＧがさくさくできないかなと思っています。
それなら高性能ビデオカードとCPUが重要では？
どんくらいのビデオカードとCPU使ってるか分かりませんがこの辺がネックでは？
その次に考えても良いのでは＞HDD

＞どんくらいのビデオカードとCPU使ってるか分かりませんがこの辺がネックでは？
　ＣＰＵはPen３-800でビデオカードはALL-IN-WONDER/RADEONです。

今回の質問は、CPUをDUALにするついでにと考えています。

DUALってことはWIN2000で3DCGとなるとメモリもかなり積まれているのですね
金額的には問題ないとするとシーケンシャルREADだけ速いIDE-RAIDよりはSYSTEMをシークの速いSCSIにされた方がいいかもしれませんね
3DCGとなるとPIII800ですらCPUパワーが余ってるとは言い難いので、あえてCPU負荷の高くなるソフトRAIDを選択するメリットはないかもしれません
単純化すると金額が同じで容量と速度（含レスポンス）のどちらを選択するかだと思います

>Ultra3WideSCSI(U160)とATA100の実測値での性能差
実測値は何による実測値を指し示しているのでしょうか?
#ランダムアクセスならば、較べるまでも無く SCSI の方がいい筈です。

disk の速さが欲しいのでしたら、ATA HDD を使うのでしたら、AAA-UDMA や SuperTrak などの RAID コントローラが載ったものを使うか、SCSI の RAID を使うといいかと思います。
#FAST20 WIDE SCSI 対応のSCSI ボードでしたら中古ならば結構安く買えますから。

私も、3D CADでしたら DISK I/O性能向上に投資する分をグラフィックに回すか、逆の発想で HDへの SWAPを起きないようにメモリを増やすとか、むしろストライピングよりも冗長性を高めるためのミラー構成にした方がいいと思います。

たくさんのレス有り難う御座います！
　実際、マザーはMS694D Pro AIR か SDVIA-LSのどちらかにしようと
思っていたのですが、今日、価格を調べたら、前者で組んだら５万ぐ
らいで、後者だと６万弱ぐらいかかりそうなので、悩んでいる最中です。
　メモリー（512MB）はそこそこ載せているので後は、システムのレスポ
ンスが早くなればいいかなと思っていた次第です。