HK6-MS400-V2とPK-K6HX400との比較でしょうか？
メルコ・アイオー両方ともに性能差は無いと考えていいかと思います。
Windows2000での使用で有れば特に問題はないかと思いますよ。

Ｋ６−３／４００ではないですけど・・・実は、つい最近、親戚の叔父にＦＭＶ−５１５０ＤＰＳの改良の依頼を受けまして、メルコのＨＫ６−ＭＳ３６６−Ｖ２ＳＶに交換しました。
結構、いい感じで動いてましたよ。
ただ、起動の際、いつもＦ１キーを押さなければならない様になった事と、ＣＰＵファンが多少五月蝿い位です。
あとは、改良する前にココ↓のＷｅｂを参考にしました。http://www.kct.ne.jp/~senoh/index.html　（火の鳥Ｈｏｍｅ−Ｐａｇｅ）

個人的にはメルコの方をオススメしたいかなぁ〜・・・