現在のHDDの性能からATA66ボードのメリットはほとんどないと思います。私自身ATA66ボードはプロミステクノロジー製の物を使っていましたが、致命的なトラブルには遭遇しませんでしたが、FDDからブートが出来ない位でした。他の方がHDDがクラッシュしたという報告をこの掲示板で見たような気がしますが・・・・。他社の製品は分からないので、その点に関しては他の方の回答を待ちたいと思います。先に述べたように、現在はメリットはないでしょうが、今後HDD等の性能が上がるに従い、導入する意義はありますので・・・。

わたくしはそのうち導入する予定ですが、現在標準IDEが４つのIDE機器で埋まってしまっているので、これを導入すればIDE機器を新たに増設できると考えております。HDDかATAPI　CD-ROMくらいしかつなげないみたいですが、そういう意味でもお得なカードだと思います。と、いっても電源とスペースが許す限りでしょうが。

MS-6163にABITのHOT ROD66を導入しています。
導入しても、体感速度は殆どかわりません（HDDはDiamondMAX6800とlct08）

メリットは、HDBENCHのCopyの値が大きくなるぐらいでしょうか。
コストパフォーマンスは悪いと思いますよ。

大方はみなさんがおっしゃられていますが利用しているHDDによっては少しスピードが上がります。しかし、現状ではIBMのDPTAシリーズやSeagateのBaraccudaATAシリーズぐらいでしか体感速度の向上は無いと思います。

バラクーダＡＴＡ以外のＨＤではカードそのものの意味はあまりないですが、
ＩＤＥの機器を多く積めるのがいいです。

友人のBX-MASTERを組み立てた時に、DPTAをATA66とATA33に
接続してベンチを測った所、約1.5倍の数値になりました。
富士通のMPAはどちらに繋いでもあまり変わりませんでした。
Ｚ（ゼータ）さんの言う様にHDDによって変わるようです。

MS-6163PRO＋Ｉｗｉｌｌ　Side66でバラクーダを使ってます。
ベンチでの数値はピ−クで２７ｋ程度がでることありますが平均では２５ｋくらいで、
普段の使用ではオンボードＩＤＥと殆ど違いを感じません。
数台のＨＤＤとＣＤとかを内蔵するときに別チャネルで接続できるのて、転送速度があまり落ちてこないのがめりっとかと・・
ＨＴＰ６６系のボードではＷＩＮ２Ｋ　ＲＣ２のセットアップで思いっきりはまります

以前、SYSTEM TALKS製（HPT366搭載）のATA66カードを使用していましたがBarracudaATA
で使用した際にレジストリエラーが多発して使い物になりませんでした。
HOT ROD66とSide66も搭載しているものは同じチップです。
最新のBIOSとドライバでは改善されているとのことです。
現在はP3B-F + ASUS製Ultra66を使用。
BarracudaATAx2（Ultra66） + DPTA351500（オンボードATA33）の構成で使ってます。

BarracudaATAに関してはATA66とATA33ではベンチ上では変わりますが、体感速度で
違いを感じるのは困難です。
DPTA351500ではベンチ速度（Read19M/Write19M）すら殆ど変わりませんでした。
オンボードのATA33が既に埋まっている又は、マルチブートを行うなら別ですが、
それ以外に別途増設するメリットは無いと思います。