あのもう少しご自分のご使用になってる環境をお書きにならないと、いくらエラーが出たとしても、解決策が絞り込めないです。
>［12698］ よろしくお願いします 　
の所でももう少し詳しいこと書いてくださいね。
せっかくみんなにお尋ねするのですから、有用な情報が提供できるためにもお願いします。

ＰＣ／ＡＴ互換機では通常ＨＤＤはＣドライブからしか起動できません。

CドライブにWindows2000が居坐っている状態なので
Windows98のインストーラがエラーを表示してしまうのでしょう。

ＨＤＤの任意の領域から起動したり、特定の領域を隠蔽したりする
ツール等を使わないと、ＡＴにあまり詳しくない人には少し難しいかな？

過去ログなどにFree/Shareソフト、市販ソフトなどの情報があると思います。

そのメッセージは起動基本区画以外の設定をＢＩＯＳで設定しているＡＴ互換機では
通常１つのＨＤに1つしか基本区画を作ることができません。たとえば2つのＨＤがあって　Ｃ，Ｄとしていた場合はＢＩＯＳの起動ドライブの選択が可能ですが
1つめのＨＤを　基本区画Ｃ，各様Ｄとしていた場合はＢＩＯＳで　起動ドライブをＤとしても起動はできません。　まくつさんのおっしゃるととおり　ブートマネージャーと呼ばれる
ツールが必要です。

Win98（SE）とWin2000のデュアルブート構成で自分が経験して分かったことを書き込みます。
CドライブをWindows98に、DドライブをWindows2000に、CドライブをWindows2000にDドライブをWindows98にしてもデュアルブート構成は出来ました。
しかし、気をつけないといけない点が幾つかあります。
・ひとつのHDDでデュアルブートを構成する時
1、CドライブはFATかFAT32でなければならない。
これを無視し、CドライブをNTFSでフォーマットするとWindows98の
インストールが出来ない。
2、あとからWindows98をインストールすると、OSローダーが起動しなかった
ような記憶があります。
3、Windows2000をインストールしたHDDの別のパーティションにWindows98を
インストールする時は、再びWindows2000をインストールしないといけないこと
があります。

現在、当方の所有しているPCの一台にも2000（Cドライブ・FAT32）と98（Dドライブ・FAT32）のデュアルブートにしてあります。
まず、FDISKで、Dドライブ（拡張ドライブ）を「アクティブ」に設定して、Windows98をインストールし、インストール完了後CドライブにWindows2000をインストールしました。完璧です。

また、こんなやり方も出来ました。
・２つ以上のHDDがある場合
　自分が体験した方法です。
Cドライブ（プライマリ・マスタ）Windows2000（NTFS）、Dドライブ（プライマリ・スレイブ）Windows98SE（FAT32）が出来ました。

1、Dドライブに成るべきドライブをマスタに繋ぎ（この時点ではCドライブ）
Windows98をインストールします。
2、このドライブをスレイブにつなぎ直して、別のHDDをマスタに繋ぐ。
3、Cドライブ（NTFS）にWindows2000をインストールしました。

だめかな・・・と思っていましたが、きちんとOSローダーも表示され全く問題はなかったです。PCは起動時にまずスレイブのドライブを読み込んでいたようです。

ひとつのHDDでCをNTFSのWindows2000、DをWindows98にしようとするならば、ツールが必要だったと思います。

単にデュアルブートしたいだけなら、ＷＩＮ９８、ＷＩＮ２Ｋの順で入れたらいいのでは？
ＯＳの共存はインストールの順番が要です。

意見をありがとうございました。書き忘れたのですがデュアルブートではなく、ＷＩＮ98を単体で入れようとしても同じメッセージがでるんです。もちろん、フォーマットもしましたが、エラーメッセージがでます。

　単体でというのはCドライブのWin2kを消した上で、そこにWin98を入れるという意味でしょうか？

直りました。　いろいろなアドバイスをありがとうございます