http://www.janis.or.jp/users/omoikane/ide98.htmのお陰で、ようやく完全に理解できました!
IDE ケーブルの39番線をI/F-Pm 間とPm-Ps 間で切断して、両 HDD で39 番線信号を独立させ、それぞれの HDD 毎に39番ピン --> LED(-)端子 --> LED(+)端子 --> 抵抗 --> Vcc(+5V) と接続すれば、各 HDD 毎に独立してアクセス LED を点灯させることができるわけですね。Sm, Ss についても同様です。
つまり、LED ケーブルの39番線は、Pm, Ps, Sm, Ss の全ての HDD の39番ピンを短絡的に結合しているものであり、どれかの HDD のアクセス状態を IDE I/F に集約して伝える役目を果たしているものと考えることができます。そのため、上のように39番ケーブルを切断して、各 HDD の39番ピンからダイレクトに LED-抵抗-Vcc(+5V) と配線すれば、各 HDD のアクセスを個別に検出することができます。