えっと、簡単に説明させていただきますね。　（＾−＾）

まず、
１．　まず、fdiskをして領域確保致します

２．　新しいHDDをフォーマットします。決して今のHDDをフォーマットしないこと！！

３．　フォーマットした時についでにシステムファイルを転送いたします

４．　古いHDDと新しいHDDを繋ぎます。ドライブ番号をしっかりと確認して下さい。
　　　基本的に、多分、古いHDDをマスターに繋いでいると思うのですが

古いHDDの基本領域　　　Ｃドライブ　
新しいHDDの基本領域　　Ｄドライブ
古いHDDの拡張領域　　　Ｅドライブ
新しいHDDの拡張領域　　Ｆドライブ

となります。つまり交互になってしまいます。これが嫌でしたらBIOSで新しいHDDの認識をせずに起動してみて下さい。古いHDDの基本領域がＣドライブ、（　拡張領域があるならＤドライブ　）、新しいHDDの基本領域がＥドライブ、（　あるのなら拡張領域がＦドライブとなります　）

この後、古いHDDから新しいHDDに色々とコピーしたら良いのですが、

MSDOSプロンプトで　xcopy ｃ: x: /c /e /f /h /i /k /r /s /y

としてやれば確かオッケーだったと思います。
おおざっぱな説明になってしまったのですが、おおまかな流れはこうなると思います。

あっ、Ｘは転送先のドライブレター（　番号　）ですね。　(^-^);;;
説明を補足させていただきます。

この要領で他のドライブの内容も新しいHDDに移せば万事オッケーです。

　なんて、早い回答なんでしょう。ありがとうございます。
今週末に、実行します。