＞1

実際に載せてみないとわからない部分は多いでしょうが、まずは現状のクリアランスを調べてみては如何でしょうか。
同じマシンに同じアクセラレーターを載せていらっしゃる方のご意見が一番確実でしょうが、「今現在は **cm X **cm X **cm　位の空間があります」位の情報を載せれば、あとは実物の寸法から大体の予測を付けることは可能でしょうから。
ちなみに製品の外寸は「HK6-MDP-NV4」シリーズと同等だと思います。残念ながらメルコのWebサイト及び取扱説明書等には外寸の記載がないので、メルコに直接電話して問い合わせるか、こちらでの情報を待つしかないですね。
（ウチでは全てヒートシンクを交換してしまっているので、正確な外寸がわかりません。もうしわけないです。）
もしも高さ的に問題があるようでしたら、ヒートシンク部を交換することで対応出来るかもしれません。1U用の低いタイプの物に変更すればいいでしょう。ただし冷却性能は重視した方がいいでしょうね。

＞2

保証が付くか付かないかですね。
と言ってしまうとそれまでですが（汗

あくまで推測なのですが、メルコのアクセラレーターの場合はメルコ社内で選別されたCPUを使うことが多いようですので、MS600Pにおいても選別品が使われていると想像する事が出来ます。
下駄自体は単体物との差異は無いですね。（市場に出回っている）K6-IIIE+自体はAMDからの流出品かと思われますので（本来K6-IIIE+は組み込み用のはずですので）、メルコさんが独自に仕入れたCPUからクロック耐性とか発熱度合い等を考慮して選別しているのではないかと個人的には考えています。
ただしメルコさんが正式に公表しているわけではないので、その真意は定かではありません。
私はMS600P発売以前に下駄単体とK6-IIIE+ 550MHzを組み合わせてMS600P相当品を作ってPC-98で運用していましたが、大きな違いは認められなかったですね。

アクセラレーター製品版と自作品両方に言えることなのですが、CPU・下駄・マザー・メモリ・周辺機器等の組み合わせや個体差によって挙動は全く異なる場合があります。
同じMS600Pでもウチでは熱暴走等皆無なのですが、人によっては熱暴走で使えないといった報告もあります。
メーカー指定の対応機種に使う場合で、しっかりとした保証が欲しいのでしたら製品版を使うべきでしょう。全てにおいて自己責任の元で作業するのであれば単体製品を揃えて自作するのもいいでしょうね。

バイザーさん，早速のアドバイスありがとうございました。買ったままで装着していないメモリー１２８Ｍを装着する際に，CPU空間を計測してみます。