先日ACPIからAPMに移行できない件で書き込みましたが、
結局CPUを元に戻しBIOSを旧バージョンに戻した後Win98をクリーンインストールして
その後PK-P2A667NX用のBIOSにまた書き換えてからPK-P2A667NXを装着することで
解決しました、デバイスマネージャにアドバンストパワーマネジメントと表示されるようになり
ちゃんとAPMが有効になりWake On Lanも出来るようになりました。

BIOSはサポートキットの方ではなく121ware.comで配布されているほうを使用しました。

再セットアップするたびにBIOS２回書き換えるのはちょっと怖かったなぁ(^_^;