機種：ＶＳ３０／３７Ｄ＋Ｗｉｎ９５

今使っているハードディスクに不良セクタが出てしまったため、新しいハードディスク（富士通製流体軸受４０ＧＢ）を買ってきました。
ＦＤＩＳＫで１６＋１６＋８に分けて、あとはバックアップＣＤから書き戻すだけ、と思ったところで、最後の８Ｇのパーティションが見えなくなっていました。
すべてのパーティションを削除して１から切り直そうと思い、ＦＤＩＳＫで領域をすべて削除したのですが、再起動をかけるとその設定が全く反映されないのです（再起動前と全く同じになる）。

Ｗｉｎｄｏｗｓのパージョンが原因かもと思い、Ｗｉｎｄｏｗｓ９８の起動ディスクから立ち上げてＦＤＩＳＫをかけようとしても、「ハードディスクの読みとり中にエラーが発生しました」となり、そこから先に進めません。

以前メルコのハードディスクを買ったときについてきたＰａｒｔｉｔｉｏｎＭａｇｉｃを持ち出して調べたところ、「パーティションが重複しています」「パーティションテーブルの先頭と開始値が一致していません」というエラーが出てきます。

このエラーを解決して、４０ＧＢのハードディスクを使うにはどうすればいいでしょうか？
私のほうでもいろいろと試しましたが、どうしてもわかりません。
識者のみなさまにご教授いただければ幸いです。