アプリの起動が遅い原因としては、メモリが少ないせいでスワップ頻発、データの断片化が発生している、常駐ソフトが多い、HD自体が遅いなどが考えられます。
プレインストールソフトをはずした（アンインストール？）ということですが、常駐ソフトでないものを消してもあまり意味がありません。アンチウイルスなど以外はタスクトレイに並べないようにした方がいいです。あとはデフラグかけたり、メモリ増設したりケースバイケースです。いずれにしてももう少し、環境を書いた方がいいですよ。

取り合えずベンチです。
★ ★ ★ HDBENCH Ver 3.30 (C)EP82改/かず ★ ★ ★
M/B Name
Processor Pentium III 664.97MHz[GenuineIntel family 6 model 8 step 3]
Cache L1_Data:[16K] L1_Instruction:[16K] L2:[256K]
VideoCard Intel(r) 82810E Graphics Controller 4.12.01.2586
Resolution 1024x768 (24Bit color)
Memory 194,456 KByte
OS Windows 98 4.10 (Build: 2222) A
Date 2001/06/15 14:45

HDC = Intel 82801AA Bus Master IDE Controller
HDC = プライマリ IDE コントローラ (デュアル FIFO)
HDC = セカンダリ IDE コントローラ (デュアル FIFO)

CD = GENERIC IDE DISK TYPE40
Q = TEAC CD-W54E Rev 2.1A

ALL Integer Float MemoryR MemoryW MemoryRW DirectDraw
10871 26532 27881 8487 9258 12878 0

Rectangle Text Ellipse BitBlt Read Write Copy Drive
9318 3336 1554 52 17509 13666 1713 C:100MB

これって早いのでしょうか遅いのでしょうか。
なおプレインストールの内サイバーワーナー・トリオＮＸや不要と思われる常駐アプリは
削除しました。
とにかく動作が遅いのですが何かこちらが行おうとする動作をいちいちＬＯＧを
とっている様な動き方をするのです。そこで悪さしてそうな前述のソフトを
削除しましたがあまり体感的には変わっていません。

＞何かこちらが行おうとする動作をいちいちＬＯＧをとっている様な動き方
ウイルスに感染しているとか？

私もウィルスだと思います。

BackOrificeに代表されるリモートツールを仕組まれたのでしょうか？
そうだとすれば，「即刻」ハードディスクをフォーマットし，パスワードをすべて変更しなければいけません（プロバイダーのパスワードも含めて）。

HDのCOPYがやけに遅いのが気になりますね。
私も、とりあえずスキャンディスクとかデフラグをオススメしますね。
タスクマネージャー(CTRL+ALT+DEL)で余計なタスク動作してないか確認してみては？
必要ならばExplorerとSystray以外は停止して様子みてみるのも良いかもしれません？
ウイルス気になるのでしたら、トレンドマイクロのホームページにオンラインスキャンなどというものもあります。
これで感染しているかどうか調べてみては如何でしょうか？

VC667J3ってWin98SEですよね?
時期的に考えて、BackOrifice仕込まれることはないと思うんですけど、どうでしょう
ちゃんとアップデートしてれば無印Win98でも仕込まれない(実験済み)

＞ＬＯＧをとっている様な動き方

オフラインでも?てと、リモートツールは有り得ない。

えーベンチの結果を送る前にスキャンディスクとデフラグは掛けました。
ウィルスはノートン先生で完全スキャンを実行して確認しました。
このパソコンのインターネット接続環境はダイアルアップなのでBackOrificeはないと思うのですが。いまいち原因が分からないのが実状です。

・・・単にWindowsが　アレなだけかも(^^;
又は　DMAのチェックが外れてるとか