MA26DでSCSIハードディスクからWin98を起動して使っています。
内蔵HDDと同様にSCSIハードディスクに基本DOSパーティションを作成し、アクティブ状態にしなければなりません。
ここで、NX特有だと思うのですが、NXは内蔵HDDがアクティブになっているとFDISKで他のHDDをアクティブ状態に設定することができません。
そこで、一旦内蔵HDDを物理的に切り離し、SCSIハードディスクだけの状態にしてやるとアクティブ状態にできます。
その後、システムフォーマットしてBIOSで起動優先順位を最上位に上げてやれば、SCSIハードディスクがCドライブ，内蔵HDDがDドライブとして立ち上がります。
あとは、CドライブにOSをインストールすれば終わりです。