まずは原因がHDDかM/Bかを特定する必要があると思います。
現在セカンダリのCDドライブは認識されていますか？認識されているならドライブを入れ替えてみるとはっきりするんじゃないでしょうか？HDDの故障という事も考えられますので、そうなるとI/Fカードの追加は意味が無くなってしまいます。
ちなみに単にIDEチャネルがいかれただけなら前述のボード追加でブートはできると思いますが、何もメルコやIOのものでなくとも、安いUltra66のバルクとかで十分でしょう。もしセカンダリが生きていれば、パフォーマンス的には良くないですが、HDDをマスター、CDドライブをスレーブ接続すれば、ケーブルの交換だけで済むかと思います。

がんだむさん　有り難うございましたセカンダリは生きてるようですCDドライブは認識されますとりあえずケーブルを交換してみようと思います。
ところで質問なのですがセカンダリに接続してもHDDはドライブCで認識されるのでしょうか？

あ、ケーブルはちょっと待ってください。
その前に

> 認識されているならドライブを入れ替えてみるとはっきりするんじゃないでしょうか？

これなんですが、ちょっと言葉足らずだったかな？なんかめんどくさそうな風にとれる…
要するにですね、プライマリとセカンダリのコネクタが上下に並んでますよね？そこに接続されているケーブルを引っこ抜いて、入れ違えて接続してみてください。これでドライブを入れ替えたのと同じ状態になります。これで起動すれば間違いなくM/Bが原因です。厳密にはケーブルが原因という事も無くはないのでケーブルも交換してみるのは悪くは無いのですが…

> ところで質問なのですがセカンダリに接続してもHDDはドライブCで認識されるのでしょうか？

ブートドライブはどこに接続してもCドライブです。