やっぱりＲＥＳがつきませんね。
ここのサイトは冷たいとか思われるのはしゃくに障るので、回答にはなりませんがコメント
入れておきます。
ＣＰＵのグレードアップみたいに、みんなに共通の悩みなら回答しやすいんですが、比較の質問では、実際に２種類を同時に持った方でないと、しっかりとした回答ができませんから、なかなか回答しずらいのではないかな？特に両方とも新しい製品だと余計です。
ま、どの使用用途で３Ｄが必要なのかがわかりませんので、一般論的なところで一言。
ゲームをするならＶｏｏｄｏｏ系とか言われてます。また、ＧｅｆｏｒｃｅのＭＸはＰＣＩ版ではＡＧＰ版との差が大きいとか言われてます。
どっちにしても動くとは思いますが、ＮＸでの動作保証がないでしょうから、当たるも八卦です。やっぱり最後の決め手は実売価格かな？
しょうがない書き込みですみません。
では。

PCI版なら、「どれも大した違いなし」だと思います。
ベンチでいくら差が出ても体感できなければ意味無いですし。
殆ど体感できない差に万単位の値段差がついてて高い方を買うのはどうかと自分は思います。
差も微妙で、値段差も微妙なところなら、製造元のHPに行ってみて、どれくらいドライバなどのサポートがしっかりしているかをチェックして比べて見るってのはどうでしょう。

自分なら、Windows2000のサポートがどれくらいしっかりしているかで決めます。
ゲーム目的で攻めるのなら、WinMeへのサポートがしっかりしているかどうか、かな？