ＢＩＯＳのアップデートはされたでしょうか？されていないのであれば、ＢＩＯＳをアップデートすることにより、問題が解決されることもあります（特にサスペンド関係）。
無責任な答えでごめんなさい。

　今更ですが、システムコマンダーを使わなくてもWin2kは標準でデュアルブートが可能です。本題の方ですがWin2kのサポートキットは導入されましたか？Win2kに正式対応していればBIOSやドライバ類が用意されています。モデムを認識してないあたり、サポートキットを導入してないっぽいですね。ちなみにサポートキットとは「NEC PCセットアップガイドfor indows2000」というやつです。NECのサイトで落とせます。
　”いくつも開く”の数がどのくらいなのかわかりませんが、Win98といえども、128M以上のメモリでWordやExcelを２、３同時に起動したくらいで頻繁にフリーズするとは思えません。多分リソース不足だと思うのですが、スタートメニューのスタートアップにたくさんアプリが入ってませんか？必要最低限のもの以外はスタートアップから消した方がいいです。それだけでも安定度が結構変わってくると思います。まあ、Win2kがあるので無理にやる必要はないですけど。

＞しかし,レジュームして戻った後,チェックボックスというのか四角の図
＞例：(_)(□)(X),(レ)
＞が変な絵になっていて,操作に支障をきたします。

えっ！？コレがWin2000でですか？
初めて聞きましたが・・。(@_@;;
私もノートでWin2000使ってますが、休止からの復帰とかで出たことないです。

＞文書を書く時に,参考にする為にエクセルやもう一つワードを開いたりするのですが,Win98は
＞いくつも開くのが苦手のようです。
＞何度もフリーズして書きかけの文書を失ったのでWin98は使いたくありません。

これは確かに..豆さんの言われるリソース不足ですね。
もう戻れませんよね。(^^;

たろうさん，豆さん，かげまるさん　お返事ありがとう。
＞ＢＩＯＳ
ＢＩＯＳのアップデートは「この機種は必要無い」と出ます。
Win98が不安定なもので，以前した事があります。

＞システムコマンダー２０００
デュアルブートが目的でなく，ドライブのサイズ変更が目的です。
最初，慣れなくて？？？でしたけど，使えるようになったら起動メニュー気に入ってます。
２つ使えると安心感がでます。

＞「NEC PCセットアップガイド for Windows(R) 2000」
内の環境設定プログラムをダウンロードして，実行してみました。再起動後，休止状態にしてから，再度起動しましたら見事に元通りに成ってました。＼(^O^)／
どうも，セットアップガイドからは何もしてなかったようです。ドライバーのバージョンアップだけを見ていたようです。
みなさんのご指導ピッタリでした。
ＦＡＸモデムのドライバーもありましたので，後でしてみます。

＞リソース不足の件
スタートアップには購入時には，一杯入っていました。今もですけど。
ノートって，パッドやワンタッチボタンの為にいろいろ登録されていますので，消すとまずいかなと思って消せれないんです。動かなくなるとやばいし。
「メモリが足りない」と言ってくることもありましたので，「もーこの役立たず！192MBものメモリを何処へやったのよ！」と罵声をあびせて，再起動していました。
一度，不信を抱くとダメですよね。安心感が一番です。

みなさん，ありがとうございました。