土地のない所に家を建てるのは無謀です。
fdiskについて説明の上手な人のレスを待ってください。
私はヘタなので。

言葉が足りませんでした。40GのＨＤはFDISKもFORMATも終わっています。データなどの
ファイル転送もできますし、マスターにつなぎ直した時、FD起動でドライブ内をDIRなど
で見ることもできます。
　ただ、再度FDISKを実行すると認識しないのです。（起動ドライブにしたいので）

一旦、PCからUIDE-66を外して、PCから直接IDEケーブルでマスタに接続し、Fdiskは出来ませんか?
お使いのPCのBIOSの上限32GBがクリアできていればですけど・・・たぶん大丈夫のような気もしますが・・・

FDISKのバージョンかなにかの問題・・かな？

少し質問させてください。
FDで認識するということですが、領域の設定はどうなっていますか？
FDISKでHDDの存在そのものを認識しないのですか？
領域だけが認識しないのですか？
転送はどういった手順でされましたか？
OSは起動しますか？
mbrは大丈夫ですか？
以前はUIDE-66からの起動はできていましたか？

私も昔MA26Dで同じ現象に遭遇しました。今も解決できていませんが、EZ-SCSIのドライブプリペラという領域確保ソフトを使用して起動可能状態にしています。このソフトはアダプテックのSCSIボードに付属していたソフトですが、IDEドライブにも対応していますし、複数のドライブを起動可能状態にすることもできます。他にもその手のソフトはたくさんあると思いますので検討されてはいかがでしょうか。　回答になってなくてすみません。

>FDで認識するということですが、領域の設定はどうなっていますか？
　基本ドライブ２０Ｇ＋拡張ドライブ１０Ｇ（＋残りがなぜか確保できません）

>FDISKでHDDの存在そのものを認識しないのですか？
>領域だけが認識しないのですか？
　HDそのものを認識してくれません。

>転送はどういった手順でされましたか？
　純正４Ｇをマスター＋増設４０Ｇをスレーブでつないだ際、領域確保＋ファイル転送をしました。

>OSは起動しますか？
　ＦＤで起動（ＤＯＳのコマンドプロンプト）します。
　FDISKはダメでも、DIRコマンドはＯＫなのです。

>mbrは大丈夫ですか？
　mbrとは？？？

>以前はUIDE-66からの起動はできていましたか？
　ハイ。大丈夫です。

みなさま、いろいろとご助言ありがとうございました。
ほしのパパさん、参考に試してみます。

fdiskでたしか2.アクティブな領域を設定してますか。確認してください、またｍｂｒ
たしか、（まただよ）マスターブートレコードの事ですね、9821からNXに流用の場合とか
必要です、ちなみに、HDDのせかえのときは、ほとんど試しておきます。

＞基本ドライブ２０Ｇ＋拡張ドライブ１０Ｇ（＋残りがなぜか確保できません）
32ＧＢの壁の問題でしたね。