私が思うに、譲ってもらったHDに問題があるのではなく、接続の仕方に問題があるように思います。
しかし、具体的なシステム構成や、接続状況、DMA対応の有無などの情報を書き込んでもらわないと、なかなかいい答えが返ってこないかもしれませんよ。
私も「ああかもしれん、こうかもしれん」と想像はできるのですが、
そんなあやふやな答えを提供できませんし。

すみません。
システムはWIN98、WIN2000です。両方とも同じ影響があります。
接続状況はプライマリにMAXTOR、WDC製のHD2台、セカンダリにNEC_CDROM_DRIVE、WDC製のHD1台を接続しています。
DMAはよくわからないんですが、全てチェックしてあります。

　もしもセカンダリのマスターに CD-ROM、スレーブに HD を繋いでいるのなら、試しに HD をマスター、CD-ROM をスレーブにしてみてはどうでしょうか？それと、問題の CD-ROM と HD の DMA モードもオフにしてみるとか？

う〜ん試しに他のHDを繋いでみたり、マスターとスレーブ入れ替えたりDMAをそれぞれON,OFFにしてみましたがまるでだめでした。
ケーブルに問題があると思い、プライマリのと交換してみましたがだめでした。
雑誌でケーブルが長いと認識が遅れるという記事を見たことがあったのですが、HDをはずした時、同じケーブルでCDROMドライブを動かすとちゃんと動くのでその可能性はなさそうですし。
謎です。

私の場合全然環境が異なりますが、VS33DM7DB2でアイオーのUIDE66のセカンダリにCD-Rドライブのみをつないだ時、同じような現象に陥ったことがあります。WIN98だったときも、Meにしてからでもです。
そのときはUIDE66が工場出荷時設定の状態につなげば、一応読み込んでくれましたが、UIDE66のBIOSにPCI>33MHzという項目があり、PCIバスが33MHz以上のときONにするのですが
一般的にサーバでないとPCI>33MHzになってないとYAHOOの掲示板で回答をいただきましたので、それ以来デフォルトで使用していましたが、いろいろやっかいだったので結局CD-RドライブはオンボードIDEにつなぎなおしました。
転送速度かなあと思ったのですが・・・。

ひとつのＩＤＥの口にＨＤとＣＤ−ＲＯＭをつなぐのって、御法度ではなかったですか？
同じＩＤＥ機器でも、これをやったら何かしら不都合が発生するような記事を、昔（９８時代だったかな？）、読んだ気がします。
（当方は、ＩＤＥ接続に関しては、今でも、ＨＤのラインにはＨＤしかつながないことを守ってますし、ＵＬＴＲＡ１００のＩ／ＦカードにもＣＤ−ＲＯＭはつながない方が良いって、何かで見た気がします。）
原因解決のサポートにはならない気もしますが、当方のお勧め対策として、
１）内蔵ＨＤは２台までと割り切って、一番容量の少ないのを切り捨てる。
２）別途、ＵＬＴＲＡ１００の様なＩ／Ｆカードを追加し、ＨＤのコネクタ口を増設してＣＤ−ＲＯＭとＨＤとは同一コネクトしない様にする。
と言うところでしょうか？（ＰＣＩの空き状況等で、実現不可能な場合もあると思いますが、ご容赦を）

では。