＞家で使っているＶＳ２６ＤにＷｉｎ９８ＳＥをクリーンインストールしたいのです。
ＶＳ２６Ｄにクリーンインストールは，後々になって障害が発生する可能性が大です。
事実，ＶＳ２６Ｄ／Ｍ７で何度か実行してみましたがダメでした。ＷＩＮ９８用サポートキットのＣＤ−ＲＯＭディスクは所持されていますか？これがないことには，ＷＩＮ９８のインストールは確実に失敗します。過去ログhttp://www.cham-reo.com/logsearch/から，「ＮＥＣＰＣサポートキット」でログサーチをかけ，素直にバックアップＣＤのＷＩＮ９５からのアップデートを実行されることをお勧めします。

補足ですが，サポートキットはＷＩＮ９５とＷＩＮ９８の両ＯＳ下で実行する（９８インストール前とインストール後に１回ずつ実施する）必要があるのです。これがくせ者で，クリーンインストールではＷＩＮ９８がインストールし終わったとたんに挙動が不審になるのです。またＢＩＯＳのアップデートも実施する必要があります。一応，121ware.comからダウンロードは可能ですが，今後のことを考えるとＣＤ−ＲＯＭをもらう方がいいかもしれません。

　NX特有のソフトでも使うのでない限り、クリーンインストールは問題ないと思うんですが。私はVS20Cですので、直接比較は出来ないかもしれませんがWin98クリーンインストールで全く問題は出てません。あえて、あげればWin上からBIOS操作するソフトとかがうまく動作しないとかくらいです。
　

私は、ＶＳ２０ＣでＷＩＮ９８とＷＩＮ２０００のデュアルブート、ＶＳ２６ＤでＷＩＮ９８ＳＥをそれぞれクリーンインストールして使っていますが特に問題は生じてません。ただし、ＢＩＯＳのアップデートは不可欠です。（ＮＥＣのＨＰにあります。アップデートしないと電源が落ちなくなったりするし・・・）　また、付属のアプリケーションＣＤのソフトはＷＩＮ９５用ですので、これを使うときはＮＥＣのＨＰからアップデートプログラムをダウンロードして適用しないと色々障害が出ますが。

後、121ware.comからWin98SE用のドライバをダウンロードして使えば大丈夫でしょう。