そのエラーメッセージはどんなものでしょうか？
ＥＭＭはメモリ関係のデバイスなので、普通はハードディスクに左右されるものではないと思いますが・・・

ＥＭＭ３８６　not instaled unable to set page ・・・などと表示され
さらにもう1画面出るのですが、
ほんの一瞬で画面が移るので読み取れません（涙）
このメッセージ画面をプリントする方法があれば教えてください。
ＵＩＤＥ-６６のボードを取り付けたときからこの症状が出て、
ボードをはずしても元に戻りません。
メモリがおかしくなったのでしょうか？
何とか直したいのでお願いします。

毎回出るのですか？
当方も、ＵＬＴＲＡ１００を初めて挿した時、ＥＭＭ３８６なんちゃらと言うエラーが表示されて、何かＦ１かＦ２を押せっちゅうコマンドが出たことがありました。
その時は、エイヤッでＰＣＩスロットの位置を変えてみたら直ったんですが。やっぱり別のトラブルですかね？まだ、試してなければ、一度試してみては？
（ホントは、ＩＲＱがなんちゃらでっ、と言う解説しなければならないんでしょうが、こっちの方はトライ＆エラーで結果良ければ良しと考えているもんで・・・。お許しを。）
では。

　本質的な解決にはなっていないかもしれませんが、エラーメッセージを消すだけなら
config.sysに書いてある
　　DEVICE=C:WINDOWSEMM386.EXE RAM
のところを
　　DEVICE=C:WINDOWSEMM386.EXE NOEMS
とすればいいかも？

読んで字のごとく、ドライバがインストールされてないからページを確保することができないのでしょう。config.sys内に指定してあるファイル（himem.sys等）は全部生きているかどうか調べてみた方がいいかもしれませんね。

＞　DEVICE=C:WINDOWSEMM386.EXE NOEMS
＞とすればいいかも？

ＥＭＳってwindowsでまだ使ってるんですか？
ページ式は不便だからってＸＭＳ等が主流になって・・・　そのご今日どうなってるかはよく知りませんが。
まだＥＭＳって動かせるんですね。（笑）

当方、MS-DOS3.3C時代からの人間です。(^-^;

DEVICE=C:WINDOWSEMM386.EXE NOEMSに書き換えたら何事もなく起動しました。
自分で考え込んでいたら一生かかっても直せなかったでしょう（笑）
本当にアドバイスしてくださったyasuさん、Newtypeさん、ありがとうございました。
Newtypeさんが言本質的な解決ではないとのことですが、私のような分からない
人間にとって、起動時のメッセージが出ることはとても心配で、それが解消された
ことにより、大きな安心感が得られました。
今、感謝の気持ちでいっぱいです。ありがとうございました。