ハードディスクだけなら自分で交換したほうが早いような気がしますが・・・
まあ保証期間内なのでしたら、修理に出した方がいいですけどね。
私は以前ハードディスクが壊れて修理に出したときには、２週間くらいで帰ってきましたよ。

予想ではだいたい２週間といったところでしょうね。

インストールしたい形態(単純に流し込みインストorクリーンインスト)によりますが、
自分でやろうと思えば出来ます。まぁ、チャリのパンク修理みたいなもので、一度自分の手を汚してやってみれば、意外と出来るのが分かるかな？と。f^^;
その二枚のCDはWindows98と書かれたものがありますか？
VC40の頃だとWindows95 OSR2か無印Win98でしょうね。

まぁ、有ったとしてもそこからインストールは色々と難しいので、クリーンインストールの場合は、今売られているSecondEditionのアップグレード版を買ってきてクリーンインストールするのが楽ではないかと。

この前、バルクのＩＢＭのＤＰＴＡの２０Ｇが昇天してしまったので、修理をしてもらおうとして購入店のソフマップに持ってたら、”新しく購入されたほうが、安くて早いですよ”といわれました。保証期間外なので修理費は約￥１０Ｋくらいかかるとのことでした。
Ｃ’ｚさんのいうとおり、保証期間が切れているなら、この際新規に購入して、ついでに容量を大幅に増量された方が良いのではないでしょうか？

すいません。レスが遅くなってしまいました。
あれからサポートに電話したところ、３０ｋ円かかると言われました。
さすがに８.４ＧのＨＤＤにそんな費用は出せません。
というわけで新しいＨＤＤを購入しようと思うのですが、
windowsをインストールするにあたって参考になるＨＰはないでしょうか？
（ここで質問するのはあまりにも自分の知識がない＆聞きたいことが多すぎると
思いまして・・・・）
ちなみに前に言った４枚のＦＤと２枚のＣＤは単独で使うものではなく、
１枚のＦＤから立ち上げて順に他をセットしていくＮＥＣ独自の方法？なものです。
それとＳＥのアップグレード版ってＭＳから取り寄せ（１０５０円）の
ことではないですよね・・・・
これなら一応持ってるのですが。

　購入時とほぼ同じ状態に戻したいのならば、多分、「困った時のQ&A」みたいな感じのマニュアルが添付されてると思いますので、その中に、再セットアップの方法が載っていると思います。
　パーティションなどの設定を変更して再セットアップをする「カスタム再セットアップ」みたいな項目があれば（NXのノート系だけ？）、ソレに従うと上手くと思います。（セットアッププログラムが、容量チェックしてたらダメですけど・・・）

　あるいは、新しいOS（Windows2000ProfessionalとかWin98SEとか）を購入してきて、
　・アップグレード前に121Ware.comなどでセットアップ前のサポートキット類をダウンロード＆フロッピーディスクなどに保存
　・新しいHDDを接続（マスター・スレーブのジャンパ設定に気をつけて）
　・新しいOSのCD-ROMブートでセットアッププログラム起動
　・OSのインストール後（または最中）、サポートキットなどに含まれている残りのドライバ類を組み込み
　・元HDDからデータを復旧
　とする方法もアリだと思います。
　自分は、添付アプリケーションの全部を必要としていないので、HDDを交換したときは新しいOSを購入してきて組み込み、後で任意のアプリケーションを、アプリケーションCD-ROMなどからセットアップするようにしています。

　個々の手順の具体的な方法などは、過去ログとかに豊富に出ていると思いますので、一通り似た事例を探してみてはいかがでしょうか？

　・・・3万円あれば60GBのドライブ買って税込みでお釣りが来ますしね（爆）

まだ見てくれているどうかわかりませんが、
みなさんありがとうございました。