下駄の意味は殆ど無いですが、下駄付きでも動作に問題は無いはずです。ただ倍率がおそらく6倍となっているはずなので、ベース100で動作させるには4倍に変えなくてはいけないと思います。
外して本体側で設定する方が楽かも。

　どっちでもいいですが、Windyはずしたり、CPU抜くのに少しコツと力がいるので面倒ならつけたままの方がいいかも。

ベースクロックが下がるのはいただけないので、ゲタから外して使いましょう

　そうですね、R15をショートさせないと４倍設定ができないですから、はずした方がいいですね。

　下駄は、上下を10ピン2列のコネクタで接続されています。
　そのコネクタの手前側（外側）の右から2番目が、R15（のパターン）につながっているはずです。
　で、コネクタの手前側（外側）の右から2番目と3番目を針金等でショートさせれば、6倍設定が4倍設定となります。
　この方法は、R15を取り付けたのと同じ効果が得られますし、半田鏝も必要ありません。少々不器用な方でも出来ますし一番手軽な方法だと思いますがいかがでしょうか？