今まで使っていたHDDはスレーブにしていますか。
機種はちがいますが、DTLA307060＊２をFASTTRAK100でRAID０でしようしています。
機種はVM550J/87をしようしています。
シャンパ設定は購入時のマスターのままでいいはずですが？

VC36H/6で、しかもHDDの機種が違います(Western Digital WD313500)が、
HDD交換時、うんうん悩んで最終的には新HDDをスレーブにつないだ状態で、旧HDDで起動したWindowsのMS-DOSプロンプトでFDISKを行ったような...。
間違ってたらごめんなさい、なんせうろ覚えですから。

　元のHDのジャンパを確認してください。増設HDをマスターにしたなら、元のHDをスレーブにする必要があります。増設HDをスレーブにした場合でも、元のHDがマスターではなくシングル設定になっていることがありますので、確認したほうがいいです。特に元のHDがWD製なら要注意です。

早速のご返事、有りがたく思います。
増設では無くて、交換なので、もとのＨＤは取っ払った状態にあります。
（今は急遽もとのＨＤのもどしてカキコんでます。）
元についていたＨＤは、ＷＤのＣａｖｉａｒ２３２００、と言う機種です。
そしてジャンパの設定は、シングルでもマスターでもスレーブでもなく、
"Most drives shipped with spare jumper as shown.No need to remove for standard"
と長々書いてあるところの設定になってます。
なんとなく、Ｌｏｃｏｍｏｔｉｖｅさんのやり方が一番早いような気もするのですが、
あの、スレーブ接続用のケーブル、買ってきてないんです…
まさか、ＨＤが死んでしまっているのでは…？
（でも、起動ディスクでの起動時にファイルがいくつかｃドライブに書きこもれるので、
それはないとおもうんですが・・・）

　起動ディスクって作ったやつですか？それとも付属のセットアップディスク？付属のやつだと/Xオプションがついてるせいで大容量を認識できないなんてのがありましたが。
Locomotiveさんのやり方＞別に分岐ケーブル買わなくてもセカンダリのCD-ROMがついてるケーブルを一時的にはずしてHDをつなげば可能です。

おさわがせしてます。
実はちょっと考えまして、かなり強引な方法にて、
解決（？）させました。
その方法とは、購入時についていたシステムインストールディスク
を使って、起動させて、メニューの中の”領域確保”を行いました。
すると、まず８．４Ｇだけが確保でき（それ以上はこの時点では）認識できない
そこで、一回終了させて、ｗｉｎ９８で作っておいた起動ディスクにて、
ｗｉｎ９８〈アップグレード）のセットアップをして、
セットアップが終了したら、ＭＳＤＯＳモードで再起動し、
そこでもう一度ＦＤＩＳＫを実行するとようやく全容量かくほできました。

然しなぜ、起動ディスクからＦＤＩＳＫできなかったんだろう…
起動ディスクよりＦＤＩＳＫ出来た方いらっしゃいますか？

　私はいつも起動ディスクから10GのHDをFDISKしてます。