画像処理を行うとなるとある程度画像メモリがあったほうがいいですね。
でヒートシンクのみというこの条件を満たすグラフィックボードは・・・
MB数は画像メモリ数を表します。
GA-SV432/PCI,WGP-SF32P（S3/Savage4Pro+搭載・32MB）
RevolutionIV/PCI　（#9/TicketToRideIV搭載・32MB、HeatSinkすらない）
SpectraLight T32 (nVIDIA/TNT2Pro搭載・32MB)

お勧めはSV432かSF32Pですかね。RevolutionIVはなかなかお目にかかれ
ません（＾＾；GDI/DirectDraw/Direct3D速度はSpectraLight T32がず
ば抜けています。

＞またお薦めのPCIグラボがありましたらご教示下さい。
CPUカバー削ってALL-IN-WONDER128（ファン無し）がお奨め・・えっ　駄目？
＃ただしながらパソコンになって危険です。（私のこと）

ASUS V3800/PCI(TNT2)はビデオ入力・出力がありおもしろいかも（ファン付き）
SPLT32PCI はファンレスみたいですね。
http://www.canopus.co.jp/catalog/splt32/splt32pci_index.htm
メルコのWGP-TS32P　アイオーのGA-TNT232/PCIはファン付き
Savage4 Vooodoo3もファンレスでしたっけ？
どれを選んでも画質はオンボードのRiva128よりはいいです。

＞物理的な干渉もあるようですし（できるなら削りたくない）
ブラケットをはずさない限り使用は無理でしょう。 SCSIとLANが無難でしょう。

＞ATAカードを差したいところです。
これもブラケットをはずさない限り無理でしょう（内部配線面倒かも・・狭いし）

>元来の空きにはSCSIとLANを差しています。
ＬＡＮボードをモデムのスロットに移すと言う手が有るかもしれません。
ＬＡＮボードの端子の場所によっては無加工で付きます。
私はＮＥＣ製のＬＡＮボード（Ｂ０６Ｌ）のＤ−ＳＵＢ１５ＰＩＮを
取り払ってＶＣ３５Ｄ側は無加工で付けてます。

アイオーのGA-TNT32/PCIを使ってます．ファンも付いてます．
でも別にうるさくないですよ．熱対策的にはファンがあった方がいい気がしますが．．．
私は3Dゲームをするのですが，ゲーム画面の画質は格段に良くなりました．
TNT2を体験した今となっては，Riva128にはもう戻れない．．．

皆さん色々親切に教えていただき本当にありがとうございました。
LANカードはMELCOのLGY-PCI-TLなのでモデムのところにさせそうですね。グラボについても色々検討していきたいと思います。結果は後日お知らせいたします。

＞物理的な干渉もあるようですし（できるなら削りたくない）、
遅ればせながら意見します。
これについてちょっと気になったのですが、
CPUをいったん外すか、NLXマザーを引っこ抜く
（やり方はhttp://tyrant.chem-eng.kyushu-u.ac.jp/3rd/NXFanClub/Experiment/Step7/Main.aspを参照）
こちらのサイトを見た限りではフルサイズでも干渉はなさそうですが。

すみません間違えました。省スペース型でしたね。
私の投稿は削除したいのですが、何故か消えません。
暗号キーは設定していませんので、管理者の方お願いします。