まず、
>違うPCのWINDOWS95の起動ディスク（IBMのPC)
は98では使用できません。DOS/VとはHW的に違いますので。
そのあとの、
>WINDOWS95のCD-ROM　
ですが、これはIBMのPCに付属しているディスクですか？
であれば使えません。
この頃のディスクは、DOS/V用とPC-98用で分かれていますので。
ディスクに書いてあると思いますので確認を。

CD-ROMが認識していないとのことですが、それは以前からでしょうか？
故障等していないとすれば、起動ディスクのCD-ROMのドライバがきちんと組み込まれていないために認識していない可能性があります。

できなくても、本体のHDDにCD-ROMのファイルを転送できればセットアップできるはずです。

そのあたりは過去ログ等にあったと思います。
私も失念してますので、他の識者の方お願いします。

私は、識者ではないのですが、多少は弄ったので、ご参考になれば.....。
Ｗ95の場合、起動ディスクにＣＤロムのドライバは自動で生成されません。
自分で書き加えねばなりません。　どるこむのPC-98問答集や、過去ログ
ー（WIN95インストールで検索すれば、多量に出る）を見てください。

W95では、必ずMSのディスクがついています。
PC/AT互換機対応　又は、PC−9800シリーズ対応と書いてあります。
当然、98用を使います。

98では、起動ドライブから、インストールしますので、
先ず、作った起動ディスクを、HDDに転送し、CDのW95フォルダを
HDDに書き込み、HDDから起動して、setupを叩くとインストールが始まります。
W98用の起動ディスクがあれば、CDドライバは、組み込まれているのですが.....。
CDが読める事は、必要と思います。
具体的な方法は、長くなるので、ログ等で、確認してください。

作業手順のイメージは、こんな物ですが、最低、自分で　config.sys
を書き換える必要があります。やってみて下さい。

Windows98が動いているPC-98で作った起動ディスクがあればCD-ROMを認識できます。
そのときHDDにセットアップファイルをコピーするというのも手です。