ひとつ追加事項です。
HD交換後、PCIにSCSIボードとIOデータのUSB2.0ボードを装着したまま、OSインストールを行いました。OSインストール終了後、USB2.0ボード用のドライバをインストールした後のパソコン再起動から、今回の問題現象が出たように思います。

BIOSのしょきかをしてからＯＳを立ち上げればいいんでは？
ＰＬＵＧ＆ＰＬＡＹ？のデータがＯＳと本体でちぐはぐになると
似た症状が出ます。

情報ありがとうございます。
恥ずかしいのですが、BIOSの初期化を行う方法がよく分かりません。
推測ですが、NECロゴ出ているときにF2キーでセットアップモードに行けますが、そこで初期化を行えるのでしょうか。あと、過去にBIOSの更新（Win2000対応用の更新プログラムにて）を行っていますが、BIOSの初期化をしても問題ないでしょうか。（純正のBIOSになってしまう？ないとは思いますが）

F2キーを押します。
・・・・F9を押して「F9：すべての設定値を出荷時の状態にして
元に戻る」
を選択します。
リファレンス　P276参照下さい。
BIOS編は熟読しておいて損はありません。

または、ケースカバーをあけ、ボタン電池をはずして一晩放置します。
再度、セットすればＯＫです。

＞過去にBIOSの更新（Win2000対応用の更新プログラムにて）を行っていますが、
＞BIOSの初期化をしても問題ないでしょうか。

問題あります。
OS win2000が起動しない恐れがあります。

起動順位を変更してなおりませんか。？

起動順位というのはハードディスク→CDドライブ→・・・とBIOSで設定するものの事ですね？問題の現象発生時は、フロッピーディスク→CDドライブ→ハードディスクの順序にしていました。これを、CDドライブよりも先にハードディスクを起動するようにすればなおるかもしれない、とうことでしょうか？

CD-ROMとSCSIに繋いだ固定ディスクのドライブ番号がぶつかってるからでは、と思ったり。
CD-ROMを繋いだ上でいちどSCSI機器の電源切って起動し、ディスクの管理を起動して、
CD-ROMのとこで右クリックで「ドライブ文字とパスの変更」で変えてみたらいいのでは
ないでしょうか?(CD-ROMのドライブ番号が変更されて困るなら他のドライブ側を変更)

起動順位変更の件はまだ試していませんが、問題の現象はSCSIボードを装着しているだけ（SCSI機器（MOドライブ）は未接続）でも起こります。さらに、SCSIボードの変わりにUSB1.0/2.0ボードを装着（USB機器は未接続）しても起こります。このことから、CDドライブ接続時は、PCIに何か装着しただけでアウトのようです。

みなさん、今晩は。

>(3)純正HDの電源＆IDEケーブルを抜き、>(3)純正HDの電源＆IDEケーブルを抜き、リムーバブルHDケースに接続

下記事項、確認ください。
１、HDDをリムーバブルHDケースへ入れずに、IDEケーブルを直接、HDDへ接続して
　　たちあげたら、どうなりますか。

２、HDDのジャンパーピンの設定位置はマスターorスレーブのどちらですか？

３、リムーバブルHDケースのジャンパーピン位置はどうなってますか。
　　（もし、あれば、スレーブの位置になってませんか。）

４、BIOSでother Card(またはBord)の起動順位はどうなってますか。

５、SCSIボードのドライバーは正常にインストールされていますか。
　　コントロールパネル、システムデバイスで確認ください。
６．リムーバブルHDケースのドライブレターはどうなってますか。

　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　以上

起動順位変更を試した結果、なおりました！！
BIOSセットアップにて、
・ハードディスクを起動順位1番に変更
・ハードディスク自体の順位について、新HD→その他、に変更
とした結果、問題の現象は発生しなくなりました。（何回か試しましたが問題なし）
補足としまして、
・新HDのジャンパーはマスターです。（このHD1台だけ接続で起動用のため）
・今回使ったリムーバブルHDケースにはジャンパーピンは無いようでした。
・SCSIボードのドライバーは正常にインストールされているようです。
・今回のリムーバブルHDは起動用としてCドライブです。
ご指摘いただいたNo.1のIDEケーブル直接HD接続は未確認、今度やってみる予定です。
No.4はハードディスク自体の順位でしょうか。問題の現象発生時は、その他→新HD、という順位だったのを、新HD→その他、に変更しました。
以上です。
みなさん、情報いただきありがとうございました。特にキタノさんには、前回も貴重なアドバイスをいただきました。あらためて、ありがとうございました。