ＨＤＤは３２ＧまでならほとんどのＨＤＤは大丈夫だと思いますが、３２Ｇ以下のＨＤＤを探す方が大変なので、ＡＴＡボードを使っていまどきのＨＤＤを購入した方がいいのではないかと思いますよ。

ＧＡはＰＣＩなら大概の物が動くと思います。

あくまでも、自己責任で・・・（汗

ＶＳ２０ＣにプロミスＡＴＡ−１３３で１２０Ｇを乗せてます。（ケーブルの取り回しはフラットケーブルだと苦労しますが）

ご回答ありがとうございました！！こんなに早くお返事いただけるとは！感激です。
ただ、私ＰＣ知識あまりなく、質問させてください。
ＡＴＡボードっていうのは、どのタイプを選べばいいのでしょうか。おすすめ製品あれば情報ください。（シリアル、ウルトラとかよく分からない。。。）
ＡＴＡボードを使えば現在市販されている内蔵ＨＤは使えるということですね？

その機種の発売は1998年02月とのことですので、その機を改造するよりも新しい機に
買い換えた方がコストパフォーマンスが良いですよ。
　ちなみに、GA-5200X/PCIの動作環境は、Pentium II 300MHz以上または同等の互換CPU
ですので、その機は動作環境を満足していません。
　ATAボードについては、IOデータのシリアルATAボードの動作環境は、CPU 500MHz以上
を搭載した機種ですので、他社製品も同程度の性能を要求すると思いますので、ウルト
ラATAボードを選択するということになります。また、インターフェイスボードの増設
を諦めて、内蔵インターフェイスを使用する場合は、8GB以下のHDDしか対応しない可能
性がありますので、その機の仕様をよく調べてからHDDを選択することをお奨めします。

用途にもよりますが、インターネットとメール、オフィス程度ならＰＥＮII２３０でも十分実用に耐えますよ。
でも、Tatsuya　Yamamotoさんがおっしゃってるように、今後の事も有りますし拡張しても本体がいつまでもつのかの心配も有りますので、予算に余裕が有るのならそこそこのシステムで買い換える（自作にチャレンジ）のも一つの手かと・・・

本題に戻ります。
ＡＴＡボードも正式対応の物以外は自己責任になります。
メーカー製ＰＣなので、メルコ（バッファロー）やＩＯデーターのＨＰを見れば対応状況は判ると思います。
それぐらいは、ご自分で探して見ましょう。
安全を優先するのであれば、きっちりと動作確認が取れている製品を購入してください。
補償も受けれますしね。

＞ＡＴＡボードを使えば現在市販されている内蔵ＨＤは使えるということですね？
すべてが使えると言うわけでは有りません。
１６０Ｇ越えのＨＤＤが使えるかどうかは、ＡＴＡボードに依存しますし、ＦＡＴでフォーマットしようと思ったら制限が出てきますし、その辺は調べて見ればすぐに判ると思います。

ご自分で、調べて見て判らなければ、もう一度質問すれば、すぐにＲＥＳが付くと思います。

３２Ｇの壁はＢＩＯＳのバグですからＢＩＯＳをupdateできませんか？
IDE ディスク容量の壁について
http://www.tadachi-net.com/pc_info/ide.html

４０ＧＢのＨＤＤが取り付いたと思いますが。
もし、３２Ｇの壁があるなら、３２Ｇ以上の容量が認識されないだけだったと思います。
記憶違いでしたらゴメンナサイ。

それから、ATAカードを購入しても遅くはないと思います。

＞純正内蔵ハードディスクを変えようと思っていますが
純正にこだわらなくともいいと思います。
SEAGATE、MAXTORのバルク品とメルコ（バッファロー）やＩＯデーター製の違いは
データの引っ越しソフトの有無だけです。
どうせ中身はSEAGATE、MAXTOR製ですから。

＞8GB以下のHDDしか対応しない可能性がありますので、その機の仕様をよく調べてから
HDDを選択することをお奨めします。
同意です。

8GBの壁は　専門ツールで突破することもできます。
ちょっと専門的になりますが。
Disk Manager 2000などなど
HDD認識の壁
http://www.h5.dion.ne.jp/~morry/HDD_case/limit.html

禁断のオーバー8.4GB
http://www5b.biglobe.ne.jp/~oh_lavie/hdd/over84_2.htm
http://www5b.biglobe.ne.jp/~oh_lavie/hdd/over84_1.htm
「壁」なんて後でどうにでも改善できるのではないでしょうか。

追伸
仕様を調べたら、Tatsuya Yamamotoさんが言われるようにオリジナルは3.2GBでした。
OSはWIN98でしょうか。

そういえば、Win2000対応のためにBIOS更新をした記憶あります。（確か"121"というサイトを利用）IOデータ、メルコのサイトに20GBの内蔵ウルトラHDありますが、20GBフルに使えるかも、と思ってます。（20GBあれば満足です）
この方法であれば、HD交換だけでお値打ちに対応できると思ってます。
（VS23DS5DA2のマニュアルには、固定ディスクはUltra ATA対応とあったので、IOデータ、メルコの20GBのHDは使えると予想）

8.4GBの壁を、ツール（IOデータとメルコのサイトより）で確認しましたが、8.4GBの
制限なしでした。128GBまでは認識可能と思われます。
もうひとつ気になるのは、内蔵HD交換は、NEC純正HDじゃないとチェックで使えない場合がある、というのを聞いた気がします。これは98系の話で、VALUE STAR NXでは問題ない（DOS/V機のため）ようなことも聞いた気がします。この点、情報あれば教えてください。

失礼致しました。
>OSはWin2000proです。
と、最初に書いてありましたね。

WIN2KならSP4をインストールすれば全然怖くありません。

Windows 2000/XP で 137GB 以上の IDE HDD を使うには？
http://homepage2.nifty.com/winfaq/w2k/device.html#1416

http://support.microsoft.com/default.aspx?scid=kb;[LN];JP305098
Windows 2000はSP4を適用することにより，LBA48 に正式対応します．
48 ビット LBA サポートのレジストリを有効にしていない場合でも、137GB までの容量は認識されます。

余談です。
価格を調べたら倍も違いました。

I/O　DATA製　　9,200
HDI-40D (40G U100 5400)
http://kakaku.com/prdsearch/detail.asp?PrdKey=05300610389

SEAGATE製　　　4,829
ST340015A (40GB U100 5400)
http://kakaku.com/prdsearch/detail.asp?PrdKey=05302010233

下記のような人もいました。
Valuestar換装しました。
http://kakaku.com/bbs/Main.asp?PrdKey=05302010233#3712790

情報ありがとうございます！！SP4ですね。
HDもずいぶん値段に差ありますね。性能、信頼性にはそれほど差ないのでしょうか。
それはさておき、HD交換にやや不安ありです。（やったことない）
手順的には、純正HDを外してその場所に購入HDを取り付け、純正HDに接続していたケーブルを購入HDに接続するだけ、と思ってます。あとはOSのCDでブートし、OSインストールを行う、という感じでしょうか。

　同程度の製品であれば、製品自体の性能、信頼性は同じです。但し、キタノさんが
紹介しているSEAGATE製は、自作機用のパーツとして売られているバルク品と呼ばれる
もので、製造メーカの保証はなく、販売店が１週間程度の期間保証してくれる程度で
す。また相性等であなたの機で正常に動作しないのに、販売店が用意した機では動作
する場合は、基本的には交換等は認められません。
　I/O　DATA製は１年間のメーカ保証が付きますし、環境移行ツールなどといった
おまけツールが付いてきます。また相性等で動作しない場合でも交換等に応じてくれ
ます。
　OSのインストールに関しては、まずはWindows2000のCD-ROMでCDブートができるか
確認しておいた方良いでしょう。また、万一の事態に備えてWindows2000用のセット
アップ起動ディスクも作成しておいた方が無難でしょう。
　Windows2000が製品版なら問題ありませんが、アップグレード版の場合は、セット
アップ中にWindows95等のアップグレート対象のCD-ROMの挿入を求められますが、NEC
製のリカバリーCDでは、認められない場合がありますので、この場合はまず、Windows
95等をセットアップした後にWindows2000にアップグレードすることになります。
　詳しい手順は、ネットで検索すればいくらでも発見できるでしょう。ご自分で探してください。
　後、Windows2000の各種ドライバーとサービスパック４及びロールアップ１くらいは
事前に入手しておきましょう。入手可能であればウィルス対策ソフトの最新ヴァージ
ョンへのアップデートファイルとウィルスパターンの最新版も事前に入手しておきま
しょう。そして、ネットに繋いだら直ぐにWindowsupdateとウィルス対策ソフトのアッ
プデートを行いましょう。