雷電 さん,こんばんは
話が少しややこしいのですが。
WIN　MEとWIN　NTのデュアルブートでできませんか？
パーティションをわけて、それぞれフォーマットすれば簡単のはず
だと思いますが。
当方、WIN　MEとWIN2K（またはWIN　XP）で一時
使用した経験があります。
WIN　NTは未経験です。
先にWIN　MEをインストールする必要があったと思います。

160G　C,Dドライブ　　NT4.0
40GB　E,F　〃　　　　WinMe
＞40GをWinMeのFdiskにて全量を拡張領域にしようとしましたが、はねられてしまいました。
＞160Gの方はすでにOSも入れ、運用しています。
下記参考になりませんか。
Windows.FAQ - Windows デュアルブートの基礎知識
http://homepage2.nifty.com/winfaq/dualboot.html

キタノさん回答ありがとうございます。OSのデュアルブートについては、今すでに運用しておりますのでこの点に関しては問題ありません。(最初ちょっと苦労しましたが。)実は無関係と思って記載していなかったのですが、この40GのHD、OSを新規インストールする際、インストール準備でCDよりコピーする領域の一部が不良セクタになっており、OS運用できなくなっているため、データ専用に使おうと考えた次第です。(インストール時に停止してしまうのです。)
このため1台のHDを全て1つの拡張領域にしたいわけです。

了解しました。

最終形態は下記でいいでしょうか？
160GB　デュアルブート　C,D,E,Fドライブ　　NT4.0、WinMeでデュアルブート
40GB　　〃　　　　　　　　各データ領域

下記の方法を試してください。

WIN2KまたはWIN　XPのCDで新規インストールを開始して
パーティションの作製　が済んだところで　　「終了」します。
ここが大事です
（フォーマットをするとOSのインストールが始まってしまうと思います。）

・WINNTでもできるかもしれません。
・そのままの状態でHDDを接続しなおさずにインストールの途中まで
　（パーティションの作製）できるかもしれません。
　（トリプルブート？になってしまいますね。）
・（蛇足）参考まで
　　WIN　XPインストール方法
　　http://mbsupport.dip.jp/instwindowsx.htm
・インストールの途中で
　　未使用の領域にパーティションを作製するにはCキーを押してください。
　　と出てきます。
　　容量（MB）キーインしてCキーを押してください。
１、CDはどこかで入手してください。
２、BOOT順位はCD-ROMを第一順位に変更する。
３、160GBHDDをはずして40GBのHDDをマスターに接続する。
３、ファイルシステムは160GBのHDDと同じにする（FAT32 orNTFS）
異なると40GB上のデータが見れないと思いました。
４、160GBHD、40GBHDDを再接続してOSを起動する。
５、40GBHDDのドライブ（G,E？）をフォーマットする。
　　（同時に不良セクターの修復もできると思います）
試してみてください。

WIN2KまたはWIN　XPの回復コンソール　を利用する方法もあります。
私は、以前WIN98SEをインストールする予定で、回復コンソールでパーティション分け、
フォーマットをしました。（FDISKが面倒なので）
・DISKPART コマンドを利用する。

（他にもっといい方法があるかもしれません。）

難しそうですが、やってみると意外と簡単です。（と思うのですが）
言葉足らずのところがあると思います。
なにぶんにもWIN　NTは未経験ですので、うまくいかなかったらお許しください。
（見たことはありますがインストールの経験はありません）

キタノさんくわしい回答ありがとうございます。残念ながらNT4.0では、4Gまでのパーテーションしか作れないので、Win2000かXPを入手し、チャレンジしてみたいと思います。このマシンでNT4.0は軽くて使いやすいんです。やめられません。WinMeはすぐフリーズするので・・・。

おせっかいだとは思いますが、不良セクタがあるドライブをデータ専用に使うのはまずいのではないでしょうか。どうしても使うのならローレベルフォーマットを実行してからの法がよいと思います。