当該機種を持っていないので、的はずれの記述かもしれません。予めご承知下さい。
この機種はi810E搭載で、BIOSにもオンボードVGAを切る項目はありません。その場合、PCIグラフィックスカードはセカンダリとなるか、自動的にオンボードから切り替わるかのどちらかのようです。
過去ログを漁った限りでは、この機種は自動的に切り替わるタイプのようで、同じと思われる機種で、SPECTRALightT32の搭載に成功しています。(↓のRes.8)
http://weblabo.griffonworks.net/dorlog/2nddorcom/pc98-nx/thread07644.html一方、BIOSのエラーメッセージは何種類かありますが、
>ビデオカードをPCIバスに挿入後、電源投入でピーピッピとエラー音
はメモリまたはVGAカードに不具合がある時のエラー音(AWARD BIOS)のようです。
これから考えると、お持ちのRAGE-Proカードの不具合か、又は相性かと思われます。
VGA BIOSの容量が32KBを越えるものは、一部のM/Bで起動しないことが知られていますので、お手持ちの機種がこれに該当するかどうかは分かりませんが、そのせいかもしれません。
いかんせん当該機種を持っていないので、こんな程度のことしか書けません。識者のご意見をお願いします〜。