まずは、CPUを元に戻せば症状が出ないのかどうかを確認してみてください。で、あきらかにCPUが原因とわかった場合ですが、普通ではないことをしているわけですからある意味あきらめるしかないかもしれません。どなたかから解決方法のレスがつけばいいのですが・・一応、再インストール方法をいろいろ変えてみてください。2000の起動ディスクからではなく、CDブートやセットアップファイルをHDにコピーしてWIN98の起動ディスクを使ったDOSからのセットアップとか・・・あとは、CPUを戻した上で再インストール後、CPUを交換するのもいいかも。Win98などでもCPUを変えているとインストールがうまくいかないことがあります。

ＣＰＵを元に戻すと正常に起動できました。
ＢＩＯＳでＰｅｎｔｉｕｍＰｒｏ５５０と認識されるのが原因でしょうか？