追記です
HDDは富士通の20GBです。
９G
１G
(残り8GBはパーティションをくんでいません）

WindowsNT4.0の、大容量HDDへのインストールは、いろいろ制限があったりしますが、その辺はご存じですよね
例えば
http://www.kk.iij4u.or.jp/~kondo/nt/largehd.html

>（インストール先は1,4GBにした）
>HDDは富士通の20GBです。
>９G
>１G
>(残り8GBはパーティションをくんでいません）
20GBHDDだから、OS側で約18GBになるのだから、9GB、1GB、8GBになるのは分かりますが、
（インストール先は1,4GBにした）が意味不明です。

パーティションのきり方の訂正です。
9GB 8 1,4です。
1,4にOSを入れようと思いましたが、失敗しました。

1,4に…ということは、HDDの後ろの方に入れようと試みてる、ということでしょうか?
NT4.0のATAPIドライバの制限から「HDDの先頭から8GB以内」にOSを入れなければならない制限があったように記憶しています。

なのでパーティションを切りなおして「1GB,4GB,9GB,8GB」にすれば入りそうに思います。最外周のシーケンシャルアクセスが速い領域にOSを入れたいという気持ちはわかりますが…。

ATAPIのドライバをいれて何とかインストールできました。
別の質問になりますが、NTのサービスパック6aをインストールした後、2000を上書きインストールしようと試みたのですが、本セットアップの前に、
STOP: 0x000000A5 (0x0000000D,0xFD934B88,0x5244415F,0x00000000)
The ACPI BIOS in this system is not fully compilant with the ACPI ・・・
とブルースクリーンのエラーがでました。
対処方法を教えていただけませんか？

BIOSを最新版にUpdateしましたか？
ACPI絡みの不具合解消されてますが・・・
最新版：1999/3/19　ファイル名：6EPA2319.EXE

ダウンロードし、起動（FDDをいれたまま)したのですが、BIOSのアップデートができません。
NTからどのようにして入れればよろしいのでしょうか？

＞BIOSのUP
素DOS（USモード）からじゃないとダメです。
他からだと最悪マザーを壊します。

＞Windows2000
新規インストールするか、
indows98からUPGする方がいいですよ。
20Gまるまる使えるので。

※パーティーションマジック/システムコマンダーを使えば
後ろのパーティーションにも入れられます。

ここの手順通りにFLASHユーティリティを使ってBIOSアップデートすればいいと思いますが・・・
http://www.chaintech.de/BIOS/Bios.htm
＃英語が読めないと言うのであれば翻訳サービスWebなりで翻訳してみてください。
作業はDaiさんが述べられている通り素DOSで起動してから作業してください。
作り方は、Windows98とかであればマイコンピュータ→FDドライブ右クリック→フォーマットで起動ディスク作成が有るはずだと思います。（うろ覚え(^^;）