CPUについては,現状ではMendocinoコア,PPGAのCeleronが載っています。1GHzのCeleronにはCoppermineコアとTualatinコアの両方がありますが,いずれについてもソケットの変換(前者についてはFC-PGAに,後者についてはFC-PGA2への変換)が必要となるだけででなく,電圧生成チップの仕様によっては電圧変換も要求されます。また,この機種では66MHz以上のベースクロックを出せない仕様になっていますので,周波数は定格値の3分の2止まりになってしまいます。アクセラレーターを使うのが現実的です(733MHzが限界となりますが。)。
HDDについては,容易に交換することが可能です。本体カバーを開けてCD-ROMドライブのケーブルをはずして90度回転させるとHDDが見えます。それを取り外して交換すれば結構です。BigDrive以外の容量の壁はとくにありませんので,40GBでも問題は起きないでしょう。
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http://www.vector.co.jp/soft/data/hardware/se085828.html「PC98-NXシリーズ スペック一覧表」。