マザーを変えるのでしたら、大きさの問題で無理だと思います。それに、PCIが三つの機種ってすごく少ないです（XaのW型番は、一つがTrident専用でPCI三つじゃないし）。
色々加工してはめ込むというのでしたら話は違いますが。

おとなしくSV-98/2やRv20、Xv20/W30などのPCI3本マシンに買い換えたほうが良いと思います。
V12にPCIを増設することは可能ですが、チップセットについて、PCIバスについて、などさまざまな知識が必要ですし、無論半田ごて作業や電子部品には精通してなければなりません。

僕もみなさんの言うとおり乗り換えの方がいいと思います
Ｖ１２はＰＣＩとＣバスの間隔が狭いのでＰＣＩを３つ（または２つ）にするとなるとケースの加工のためにＣバスが犠牲になって拡張性はあまり変わりないと思います
一部の方にはＰＣＩを増設した方がいるようですが、あえてリスクを犯してＰＣＩの増設（マザー交換も含む）をするよりｘｖ２０などを買った方が割安というものではないでしょうか？
気分を害してしまったらすいませんｍ（＿＿）ｍ

お使いのV12がWildcatあるいは430FX-60チップセット搭載モデルであれば
WildCatチップセットのXa系等のマザーを入れてPCI2本には出来ます。
430FX-66チップセットであれば無理です。

ＰＣＩ３本は、技術的にもコスト的にも非常に困難です。
しかし、ＰＣＩ２本でしたら、簡単にできる場合もあります。
現在のマザーボドの型式にもよりますが…
Ｘａシリーズと共通の寸法のマザーを使用している場合には、マザーを交換するだけで他の部品は全て使用できます。
チェックポイントは、後部パネルのＰＣＭ音源の入出力コネクターの一です。
このコネクターが、Ｃバスの下にキーボードのコネクターと並んで付いている機種でしたら、
９９．９９％Ｘａ７〜Ｘａ１０／Ｃのマザーボードと交換できます。
ＰＣＭのコネクターが電源ソケットの横に縦に並んでいる機種でしたら、Ｘａシリーズのマザーボードの交換は可能なのですが、ＣＤ−ＲＯＭとＦＤＤの取り付けフレーム金具が使用できなくなります。

追加です。
マザーの形が違うＶシリーズにＸａシリーズのマザーを入れた時には、ＣＤ−ＲＯＭとＦＤＤの取り付けフレームだけでなく、Ｃバスのフレームも使用できなくなります。
電源ユニットはＣバスのフレームに支えられる構造ですから、電源ユニットも固定されなくなります。
ＣバスのフレームとＦＤＤ＆ＣＤ−ＲＯＭドライブのフレーム金物を交換すれば、問題無く使用できるのですが。

あと、Ｖ１２はＦＰですが、Ｘｖ／ＷはＥＤＯ　ｗｉｔｈ　ＥＣＣですのでメモリも流用できませんね。２ｎｄキャッシュもダメです。

>あと、Ｖ１２はＦＰですが、Ｘｖ／ＷはＥＤＯ　ｗｉｔｈ　ＥＣＣですので
>メモリも流用できませんね。

FPSIMMでもパリ有りならXv/Wでも流用可能です。