領域情報を見てちゃんと全部領域が開放されているか見てください。

WIN98のソフトで領域確保しようとしましたか？
さらに大容量ディスクをサポートしますか？
で”Y”を押しましたか？FAT32じゃないと
ワンパーティション2Gを超えるフォーマットできません。
さらにDOS6.2では最大2GBです。

ちょっと話がずれたかな？

Dos6.2ではワンパーティション2Gです
とりあえず2*4=8Gまで認識できるはずです。
Xa7だから駄目というのはまったくないです。

あれ、１ＧＢ＝1024ＭＢだから2048ＭＢまでＯＫだと思うんですけど。
2013ＭＢって、ずいぶん中途半端じゃありません？

セットアップは何度もやってますので、間違えてはないはずです。
FAT32も16の違いもわかります。
たしかに、2013って言う数字はおかしいですね。ってことは、ディスクのハード的な
トラブルってことになりますかね。
分けようとしたのは、WIN98で2.4GB、残りをDOSに・・・
というふうにしようとしました。
ちなみに、この機種の最大は4.3ですか？8.4ですか？

ということはスキャンディスクをかけてみるしかなさそうです。
セクターにエラーありか？

Xa7は最大4.3GBだと思います。

Ｘａ７にもいろいろなバージョンがありますが…
もっとも、内蔵ＩＤＥの容量制限はどのＸａ７も、全てＨＤＤ１台につき４．３Ｇです。

FAT32ではDOS6.2は動きません。私の環境では装置２のＨＤＤの２パーテーション
のみFAT16（Ｃドライブとして500ＭＢ)でDOS6.2を立ち上げしています。
（ちょっと的外れですみませんが、参考にしてください。）

DOS5.0、DOS6.2、Win95(98)ではそれぞれ1パーティションの最大確保容量に違いがありますが、その所為ではないですか>2013ＭＢ
私の所のHDVS-U2.1GもDOS6.2でフォーマットすると2013ＭＢ確保で数十MB残りますが、Win95のFDISKで確保するとほぼ全ての容量を確保する事ができました。

ＨＤＤのクラスタが壊れていればそういうことになるんですね。
もはや、ＨＤＤの新品を買ったたほうがよさそう？
もちろん、ＤＯＳはＦＡＴ３２では読むことすらできないですから、
その辺はぬかりないです。親切にありがとうございます。

僕は新品のHDDで同じような症状になりました（15MB余った）。
何度やってもDOS6.2でもWin95でも変化しませんでしたので、
壊れているわけではないと思いますが……。

僕は９８同士でも違うマザーに繋ぐとき（ＳＣＳＩうおＨＡを換えるときにも）はＤＩＳＫＩＮＩＴをかけますが、ＤＯＳ６だと関係ないはずですよねぇ・・・。ただ、よくあるハナシでは、ＨＤの容量表示が１ＭＢ＝１０２４ＫＢではなく、１ＭＢ＝１０００ＫＢのことがあります。

以前読んだ記事にはそれぞれのOSで容量計算に違いがあって（バグとまで書いてある記事もありました）そのようになると書かれていたのでHDD側の問題とは違うようです。
FAT32で2.6GのHDDを全容量確保して2013MBしか無いと表示されたのであればHDDの問題か、もしくはUNIX系のOSで使っていた領域がDOSやWinから見えなくなる為に起こっているのか・・・
いずれにしても以前はどういった使用法だったのか、どのような手順で今回の作業を行ったのか解らないので私にはこれ以上解らないです。