当方、全くの初心者です、語彙に間違いや不適切な表現が有るかもしれませんが、困っているので、ご教授お願いします。

外付けＳＣＳＩ接続のＨＤを増設し、フォーマット等、説明書通りに行い、増設したＨＤにファイルのコピーやアプリケーションのコピーもできますが、その増設したＨＤにインストールしたアプリケーション（一太郎等）が、起動できなくなりました。（２０Ｇを認識している）
そこで、スキャンディスクを起動したところ、「このドライブはファイルアロケーションテーブル（ＦＡＴ）のバックアップファイルが存在しましが、コピーとＦＡＴが一致しません。」というメッセージがでました。で、エラーを修復するようクリックしたのですが、次に、「〜ファイルが壊れています。」と表示され、再度、エラーを修復したのですが、アプリケーションを起動できないために、再度物理フォーマット、論理フォーマットを行い、アプリをインストする前に、スキャンディスクをしたら、「　」と同じエラーメッセージがでました。
ところで、ＨＤはメルコのＤＳＣ−ＵＧＴＶ２０、ＳＣＳＩボードはＩＦＣ−ＷＳＰです。
メルコに問い合わせたところ、ＨＤの故障と言うことで、新品と取り替えてもらいました。
（ケーブルも一応純正のものを使っています。また、接続してあるＭＯは、何の異常も有りません。）長くなりましたが、よろしくお願いします。以下に、使用機器概要を書きます。

ＰＣ９８２１Ｖ２３３（ＤＶＤ搭載機種）で、ＰＣＩ（ＩＳＤＮボードを外し）にＩＦＣ−ＷＳＰを入れています。ＯＳ＝ＷＩＮ９８ＳＥ、内蔵ＩＤＥは、正常に起動しています。また、デバイスマネージャ等は、いずれも正常に起動しています。