ソフトウェアでは無理です

ターミネータがなくてもSCSIチェックで認識はするので原因は別の所にあると思います

> D-subハーフピッチ50ピン同士の接続では外していても認識できていたのです。

　その、前からあったSCSI機器は、背面にターミネータ設定のスイッチがあって、購入時からターミネートONになっていたのではありませんか？　そして新しく購入されたSCSI-HDDですが、これの背面にターミネータ設定とおぼしきスイッチは、何かありませんか？
　もしあれば、そのSCSI-HDDを芋づるの終端に接続し、スイッチをONにすればターミネータを取り付けたのと同様になります。無いなら、機器のつなぎ換えでスイッチのあるものを芋づるの終端に持ってくるか、ターミネータを入手して取り付けることになります。

> ターミネータがなくてもSCSIチェックで認識はするので原因は別の所にあると思います

　うちのSC-98III、ターミネータなしではSCSIチェックでこけることがあります。
　試しにターミネータON、もしくは取り付けてみて、動作確認をしたらいかがでしょうか。SCSIの約束ごとを遵守した接続をしてみて、きちんと動くようなら原因はターミネータの有無、動かないなら別の原因、と問題の切り分けができますから。
　ターミネータなしでSCSI機器が動作するケースもありますけど、信頼性がガタ落ちします。うちのWaveSMITでは、終端に接続したPDの電源を入れ忘れて、ターミネータ機能がペケのままSuperDiskの読み書きをしてたら、データ化け化け、ファイル破損でひどい目にあいました。
　ソフト的なターミネータというのは聞いたことがないですが、ソフト（信号）そのものの信頼性のために取り付けるものですから、無理じゃないですかねぇ？

というか、ターミネータなしで使用しようとしているのですか？
止めた方がいいですよ。絶対。
デバイスチェックや、起動は旨くいって、全て正常に動いているように見えても、後で見たらコピーしたファイルが壊れているとか、よくあることです。

>後で見たらコピーしたファイルが壊れているとか〜
多数のファイルをコピーして、FCでチェックをかけるかフリーのファイル比較プログラムを使う、無い場合はJPEGファイルを数百コピーして目視確認、CHKDSKやSCANDISKでは検出出来ません。
（JPEGやMPEG等が異常を検出しやすい、ファイルをバイナリエディタで見れば理由が解ります）

ソフトターミネータについては、恐らくSCSI-H/AのBIOSでターミネーションの有効か無効を設定する項目を指していいるのでは無いでしょうか？

SCSIケーブルのインピーダンスによっては全く認識しない場合があります。
HDDに繋げているケーブルを別のケーブルに変えて認識するかどうかご確認下さい。

>その、前からあったSCSI機器は、背面にターミネータ設定のスイッチがあるのでは?
いえ、両方のHD共に付いてないです。
>SCSIチェック
通ります。IDも重なっておりません。
>というか、ターミネータなしで使用しようとしているのですか？
SC-PCIにHDVS-2G(どちらもI・ODATE)の場合は、HDから出ている先のケーブルが
遊んでいても(何も繋がっていなくても)問題無しでした。
(スキャナorCD-Rはスペースの都合で、使用する時以外は他の所に置いてます)

新たに購入したHDと言うのは、かなり以前の物らしくて(95年くらい?)
容量720MBの旧型コネクタなんです。ですからケーブルもこれのために購入した
一本しかないのです。
デバイスマネージャでは、"ディスクドライブ"で確認できますが、
"ディスクドライブのプロパティ-設定"では、現在のドライブが空欄です。
(内蔵HDがA,B FDがCですからDになるはずなのですが)

＞>というか、ターミネータなしで使用しようとしているのですか？
＞SC-PCIにHDVS-2G(どちらもI・ODATE)の場合は、HDから出ている先のケーブルが
＞遊んでいても(何も繋がっていなくても)問題無しでした。
それはちょーっスペシャルラッキーだったって気がします。
もし「ターミネータを付けてないけど大丈夫？」って聞かれたら、
「絶対付けた方がいい！」って答えます。
うちのSC-PCIには、アンフェノールハーフピッチ50ピンのターミネータが標準添付されていますが、付いていませんでしたか。
D-subハーフピッチ50ピンの機器を終端にする場合でもターミネータを使った方がいいです。

＞デバイスマネージャでは、"ディスクドライブ"で確認できますが、
＞"ディスクドライブのプロパティ-設定"では、現在のドライブが空欄です。
デバイスマネージャで認識できているならDISKINITすれば使えるようになる・・・のかな？