UHDI-13GHにはOSがインストールされているのでしょうか？それとも、CDが認識できないためにインストールができないのでしょうか？
CDを認識しないためバックアップCD-ROMからインストールできないとすると、一番簡単なのは内蔵IDEのセカンダリマスタにCD-ROM、UIDEプライマリマスタにUHDI-13GH、を接続してインストールすればたぶん大丈夫だと思います。
UIDEに全て接続したい場合にはNECCD.SYSに加えてUIDEでDOSでCDを利用できるためのSYSファイル（詳しい方法はマニュアルに載っていると思います）を設定してあげれば良いかと思います。
CD認識以外の内容（インストールしたがUHDI-13GHから起動しない等）であれば、その現象を詳しく記述した方が回答しやすいです。

追加です、バックアップCD-ROMからのWIN95のインストールは、容量が変更されたHDにはそのままでうまくいかない場合があります。

CD-ROMは本体内蔵ポートに戻すというのはどうでしょう。割り込みがもったいないですが、動作は確実です。

neccd.sysの代わりに、uidecd.sysをconfig.sysに記述して読み込ませてあげれば
うまくいくと思います。デバイス自体を認識しない場合は、
コネクタ及びuide98自体の接続がしっかりしているか確認してみてはいかがでしょう？
最近、私もuideにうないだデバイスが全部認識しないという状況に陥りましたが、
uide自体を抜き差ししたら、認識するようになりました。

どうもありがとうございます。試してみます。