私は競合だと思うんですが…
勘違いしやすいのが、標準(スタンダードディスプレイ以外の)のGAです。
GAを増設していたとして、上記の物を使用不可にしていますか？
IRQメいっぱいに近い状態ですと落とし穴がどこかにあります。「競合はありません」を信じてはいけません。
表題のボードはMIDI環境を強化する為、９８ユーザは血眼でさがし、手に入れたい代物です。

Ｓ−ＭＰＵだとＩＮＴ表記になっいる場合があるのでややこしいのですが、デフォルトではＩＲＱ６を消費しますので、「ＰＣＩセットアップディスク」でＣバスの当該スロットをＩＲＱ６に固定し、他は全て「自動」にしてみてください。（ＩＲＱ６＝ＩＮＴ２）

まず、以下のことを試してみてください。
1.PCIセットアップディスクでPCIとCバスのIRQ等を明示的に設定してください。
2.IRQをできるだけあけてください。
3.手動設定でS-MPUIINのIRQ等を1で設定したものに変更してください。
4.それでもだめならばいったんドライバを削除し、手動でインストールしてみてください。 また、一時的にでも構わないので拡張ボード（特にCバス）や2ndCCU、音源などを外してドライバを削除し、それでS-MPUIINが動作するかどうか確かめてください。

あと、割り込みの詳しい状況を教えてください。

ＩＲＱ６が塞がっていて設定できないのですが、ＷｉｎｄｏｗｓではＩＲＱ１２を要求しているようなので、ＩＲＱ１２を設定してやっても変化無しでした。

ＩＲＱはこのようになっています。
00　システムタイマ
01　NEC PC-9800 シリーズキーボードまたは 98 スタンダードキーボード(95)
02　スタンダードディスプレイアダプタ(9821 シリーズ)
03　GA-VDB16シリーズ
03　PCI ステアリング用 IRQ ホルダ
04　通信ポートサポート 115.2Kbps (COM1)
05　第２通信ポートサポート 115.2Kbps (COM2)
06　NEC PCI to USB Open Host Controller
06　PCI ステアリング用 IRQ ホルダ
06　PCI ステアリング用 IRQ ホルダ
07　プログラミング可能な割り込みコントローラ
08　数値データプロセッサ
09　MELCO Ultra SCSI IFC-USP
09　PCI ステアリング用 IRQ ホルダ
10　YMF701互換 Sound System(拡張FMのみ)
11　標準フロッピーディスクコントローラ
12　Super MPU II for Windows95
13　標準バスアダプタマウス
14　プリンタポート (36pin Parallel Interface)(LPT1)
15　システム CMOS/リアルタイムクロック

ＰＣＩは全部埋まっています。Ｃバスは８６音源を付けてはいますがＷｉｎｄｏｗｓ上では認識させていません。標準ＧＡも使用不可（×印）にしています。

＞ＷｉｎｄｏｗｓではＩＲＱ１２を要求しているようなので、ＩＲＱ１２を設定してやっても変化無しでした。
＞Ｃバスは８６音源を付けてはいますがＷｉｎｄｏｗｓ上では認識させていません。

８６音源は挿して有るだけでもIRQを占有しているのでは？
使用されていないのでしたら抜くのが一番です。
どうしても挿しておく必要が有るのでしたらIRQ5の2ndCCUをBIOSで殺しましょう。
（殺しただけだとPCIデバイスが割り込むのでPCIセットアップでＣバスに予約する必要が有ります）

PCIセットアップで86音源とS-MPUのリソースをちゃんと予約してやれば、自動的にUSBとGA-VDB16がIRQをシェアリングしてくれるようになるはずです。

８６音源はＤＯＳで使っているんです。あと、２ｎｄＣＣＵにはＭＩＤＩ音源がついています。
もしかしたらＰＣＩセットアップユーティリティの使い方が間違っているのかもしれませんが、８６音源にＩＲＱ１２を、Ｓ−ＭＰＵにＩＲＱ９（もしくは３）を割り当てたところ、Ｓａｆｅモードになってしまいました。
さらに設定を戻してからＢＩＯＳで２ｎｄＣＣＵと内蔵サウンドを切ると起動不可能になってしまいました。
なんだか申し訳ないのですが、ＰＣＩセットアップユーティリティの設定のやり方を詳しく教えてもらえないでしょうか？

ＩＲＱ１２だとＩＮＴ５ですから、思いきり８６音源とぶつかってると思うんですが・・・。Ｓ−ＭＰＵIIは使ったことないんでわかんないのですが、ＩＮＴ２をボードのスイッチ等で指定できませんでしょうか？ＤＯＳゲー等でＭＩＤＩを鳴らすものは、ＩＮＴ２にＭＰＵがいないと鳴ってくれないものが多いですよ。

＞ＰＣＩセットアップユーティリティの設定のやり方

Cバスのの使用するIRQを全て固定してあげて、PCIは全て自動にするのが王道ですな。

　本題から少し離れますが、「MELCO ULTRA SCSI IFC-USP」とは、
もしかして「IFC-USP-M(2)」でしょうか？

過去に、GA-VDB＋ドライバVer1.30とIFC-USP-M(2)をシェアリングさせると
強制リセットで起動不能になるのを確認しています。Ver1.20では問題無し。

ただし、当時の情報は山猫機のものしか集まらなかったので、
IntelチップセットのV200だと関係無いかもしれません。
あと、「IFC-USP」だとしても、コントロールチップ、ドライバとも
同じようなので、「IFC-USP-M(2)」と同じ挙動を示す可能性があります。
とりあえず情報まで。

そもそもIRQシェアリングができるのは基本的にPCI機器だけです。Safeモードとか立ち上がらなくなったとかはそのためでしょう。

先にも書きましたが、面倒がらずにとりあえずできることをすべてやってみてください。まず、86を抜いてBIOSで2ndCCUとUSBを殺し、PCIセットアップユーティリティでPCI機器をすべて自動、S-MPUIINのリソースを他と重ならないように設定してください。それからWinをSafeモードで立ち上げ、抜いたもののドライバ（2ndCCU,86,USB）とS-MPUIINのドライバを削除し、再起動してWinを立ち上げ、S-MPUIINのドライバをインストールしてみてください(ドライバFDのSETUPは使わないでください)。これでたぶん正常に認識するはずです(ただし、PCIセットアップユーティリティの設定と食い違うこともあり得るので、その場合は手動設定してください)。こののちにひとつずつ外した機器を戻し、再設定してください。ただし、シェアリングをしないと全ての機器を使用するのは不可能ですので、不要なものは殺したままにするかPCIのシェアリングをする必要があります。

ＵＳＢと２ｎｄＣＣＵをデバイスマネージャーで「使用しない」にして、ＢＩＯＳで２ｎｄＣＣＵを切り、ＰＣＩセットアップユーティリティでＵＳＢのＩＲＱを３に、Ｓ−ＭＰＵのＩＲＱを６に設定し、ＷｉｎｄｏｗｓでＳ−ＭＰＵのＩＲＱを６に手動で設定、そして切っていたＵＳＢと２ｎｄＣＣＵを復活させるとやっと上手くいきました。
シェアリングはされなかったのですが、全部認識されているのでよしとします。
色々と情報ありがとうございました。