>2.ファイルを読み込み別のディスクに入れ替えた時〜
これはOSに対してMOのアンマウントが通知されていなく、キャッシュがフラッシュされていない状態です、MOドライブの取り出しボタンで取り出すとそうなります、またMOドライブにメディアを挿入した状態でOSを起動するとそうなる事が有ります、こうなるとFATを上書きされます。
それとWindows95で640MB MOを使う場合は色々な制限が有ります、
補助ドライバを入れてますよか?
後、「かないやすのり」さんのWeb pageの「MOにこだわるページ」を参照してみて下さい。
http://www.zob.ne.jp/~kanai/