FDD、HDDのようなBIOSで認識できるドライブのドライブレターはWindows起動時のDOSが起動する時点でつけられるのでWindows上では変更できません
HDDのパーティション等をいじるソフトはB'sCrewがPC-98にも対応しています
http://www.bha.co.jp/まりも氏のdrvasn98というソフトを使ったり、インストール時にsetup /atのようにatオプションをつけてインストールすればAT互換機のようにFDDをAドライブ、HDDをCドライブにすることができます
http://www.bha.co.jp/ただし、drvasn98を使うとハードディスクのドライブレターが変更されるのでWindowsが起動できなくなり結局再インストールする必要があるので、現在のAドライブにATオプション付きで上書きインストールするほうがいいかも