自己レスです。

　「安全か？」っていうより、「出来るのか？」のほうが正確ですね。
　でも「安全か？」の問いにも答えていただけると幸いですｍ（＿＿）ｍ

ボードのスルー化には、内蔵SCSI_BIOSを殺せるかとか、ターミネータがアクティブかとか、色々難しい問題があるみたいです（SCSI専用スロットのボードでも、A-E10のスルー化の話はよく聞きますが、FA-02ではとんと聞かないのもそこらあたりの問題かも）。
あと参考になるかどうかわかりませんが、こういう記事がありました：
http://www4.justnet.ne.jp/~evu/oshiet88.htm

>FA-02ではとんと聞かない
　FA-02。BIOS切り離し出来ますよ？SW2-8 OFFでA-E10と一緒です。（横道それますが）
ボードスルー化の条件は総額7600円さんの意見と同様です。MelcoのIFC-NNとかでは、
２枚刺し用としてBIOSの切り離し機能がありますが、IOのSC-98IIIでは切り離し機能は
備わっていませんでしたので、ボードによるのでしょう。

ただ純正５５ボードではＢＩＯＳの切り離し機能が設定されているようですので、それに
完全準拠で作られていれば、スルー化も可能でしょう。マニュアルに載っているはずです
のでご確認ください。
（純正５５ボードが〜の元ネタは98JUNK.DOC からです　URL http://www.win.ne.jp/~miyabi/dip.htm）

結果からいきますとできます。（安全か？といわれるとわかりませんが・・・）
僕の場合は、IF-2769から外付けHDDに入れそこから本体背面のSCSIコネクタに接続して内蔵CD-ROMを動作させていました。このときBIOSセットアップメニューから内蔵SCSIのBIOSを切る必要があります。

Ceに内蔵SCSIで繋がっているのはCD-ROMだけですが、
これは電源一体式の特殊ケーブルだったと思うんですよ。
＃正確にはケーブルの問題ではなさそうでしたが・・・。
HELP＋リセットで内蔵55U互換を切ってしまって、
外付けCDなどをつけた方がいいと思います。（等速ですし）
この際にも、内蔵ノート用IDEのHDDは使用できますが、
最大540MB（正統な方法では）ですので、これもまた外付けにした方がいいでしょう。

どうしてもやりたいのであればできなくはなさそうですけど、
あのすき間でやるのは非常に困難です。ケーブルが入りません。
私が以前、Ceで3.5インチHDDを内蔵しようとしていろいろ工夫しましたが、
とても苦労しましたので。

サブマシンでＰＣ−９８２１Ｃｅを使ってます。
アイオーのＳＣ−９８ＩＩＩＰからケーブル引き延ばして
一応、当方の環境では使えてます。ただ、ＣＤの自動挿入をオンにしていると
ＣＤを入れた途端に例外エラーが発生してしまうことが多々あったので
私は自動挿入はオフの状態で使ってました。またエクスプローラでＣＤの
アイコンをクリックしてＣＤ−ＲＯＭドライブのルートをいきなり
見ようとすると同様に例外エラーが発生することが多かったので、
必ず、エクスプローラのツリーの＋マークの部分をクリックして
ＣＤ−ＲＯＭのツリー内容が開かれてからルート以下のフォルダを
見るようにしていました。

皆さんレスありがとうございます（＾＾）

　ところで、DOS時の動作はどうなのでしょう。

SC-98IIIと言う手がありましたね。
でも、コネクタのついているものが、簡単に手に入るかどうか・・・。
あ、Cバスを下段だけ使用すればできますね(^^;;