>CDドライブは初期についていたものではなく
>新たに購入したものを使っていますが、それと関係あったりするのでしょうか？

　おおいに関係あります。WIN98の起動ディスクに含まれているCD-ROMのデバイスドライバでは未対応のCD-ROMが接続されていることになりますがCD-ROMにそれ用のデバイスドライバが添付されていたと思うのですが、パーツ屋でバルクのドライブを購入した場合などではついてない場合もあるかもしれません。
　どのようなCD-ROMに変更されたかは分かりませんので、これ以上の詳細な説明は上記の説明では不明ですので詳細を記入してもらえれば、回答もしやすくなると思います。

　ちなみに起動時にF8を押してSHIFT+F8をYにして1行ずつ確認していけばCONFIG.SYS中にCD-ROMが確認できていない(NECCD.SYSのところ)ことが分かるはずです。

・CD-ROMはATAPIかSCSIか（できればメーカーと型番も）。
・CD-ROMはどこに接続されているか（本体IDE or IFC-USP-M2）。
・config.sysにCD-ROMのドライバを登録してあるか。登録済みならば、mscdex.exeの所に記述してあるデバイス名とドライバのところに記述してあるデバイス名は同一か。

他になにかあるかな？config.sysと、autoexec.batの内容を丸々書くのもアリかな。
まぁ、とりあえずこのくらい書いてみましょう。

CDROMはSCSIじゃないです。
メーカーはIO-DATAで　型番はCDV−24です。

＞config.sysにCD-ROMのドライバを登録してあるか。
わかんないです。

ドライバは入れてないです。入れたほうがよいのでしょうか？

>CDROMはSCSIじゃないです。
　ボブBさんも書いていますが、そのSCSIでないCD-ROMはどこに接続されているのでしょうか?

>メーカーはIO-DATAで　型番はCDV−24です。
　それなら、サポートディスク(FD)でデバイスドライバが添付されていたはずです。

>ドライバは入れてないです。入れたほうがよいのでしょうか？
　入れないと起動ディスク上ではCD-ROMは認識されません。

＞そのSCSIでないCD-ROMはどこに接続されているのでしょうか?
IFC-USP-M2にはつけていません。最初についていた場所と同じです。

＞サポートディスク(FD)でデバイスドライバが添付されていたはずです。
はい。ついています。

＞＞ドライバは入れてないです。入れたほうがよいのでしょうか？
　＞入れないと起動ディスク上ではCD-ROMは認識されません。
入れた後に、起動ディスクを作成するのでしょうか？

うー、最初から書くしかないかなぁ。恐ろしく簡素ですが・・・

1.現在の起動FDのconfig.sysとautoexec.batを、とりあえずリネーム（config.old、autoexec.oldなど）してください。

2.メモ帳またはDOSのEDITなどで、

DEVICE=MASPIUP.SYS
DEVICE=********.*** /D:CD_101
LASTDRIVE=Z

と書き、config.sysというファイル名で起動FDに保存してください。********.***にはI-Oのサポートディスクに入っていると思われる、PC-98用のDOSドライバのファイル名を記述してください（無い場合は少々面倒です）。

3.これまたメモ帳かEDITで、

MSCDEX.EXE /D:CD_101

と記述し、autoexec.batというファイル名で起動FDに保存します。

4.MASPIUP.SYSをIFC-USP-M2のFDから、I-O DATAのPC-98用DOSドライバをCD-ROMのサポートディスクから、それぞれ起動ディスクにコピーしてください。

これで多分いけます。駄目だった場合は、作成したAUTOEXEC.BATとCONFIG.SYSを削除し名前を変えて取っておいた、元のconfigとautoexecに戻してください。

#ASPIはいらないか・・・

あー、ファイルはルートに置いてください。

To:毘沙門 さん
えーと、ちょっと違う話になりますが、
下で"FORMAT"に関しての質問にレスを付けさせていただきましたが、結果としてFORMAT出来たのはなによりです。（良かったですね）
ですが、"どの様にしたら出来た"のかを返信レスとして付けていただくと後々の過去ログ検索で生きた情報となりますので、出来れば書き加えていただけると嬉しいです。
(機種特有の事情で通常の手順では出来ない様な場合も有ったりした場合、貴重な情報になり得ますので)

　マニュアルをよく読んで下さい。
基本はちゃんと書いてありますよ、後はそれをちょっと応用すればいいだけです。

ドライバディスクをHDD(Aとします)にコピー
起動ディスクから起動(CDROMのエラーは気にしない)
b:
setup.exe
でドライバのコピー、config.sysとautoexec.batの書き換えするはずです。

レスありがとうございます。

ボブさんの方法で最初からクリインストFD
を作ったらCDROMを認識してくれました。

Himem.sysやNeccd.sys を入れたままだとできませんでした。
余計なものは入れないほうがいいです。