そのボードは心臓部がCM-300/SC-55と同等のハードウェア音源なので、
"音飛び"と呼べるような症状はまず起きないはずなのですが・・・
同時発音数不足によるいわゆる"音切れ"なら分かりますけど、
具体的にどのような異常な音が出ているのでしょうか。

なお、Win95でGPPC-NA/Nを使う場合のドライバは、OS標準の"MPU-401互換"でOKです。
ドライバの標準の使用リソースは割り込みがINT2(IRQ6)、I/Oポートが0xE0D0〜D2
のはずですし、ボード上にも同様のデフォルト設定が印刷されているはずなので
一度抜いて確認してみてください。

あと補足ですが、DOS用のゲームをWindowsのDOSプロンプトでプレイしようとする場合、
フルスクリーンモードにしないとまず動かないと思った方がいいです。
グラフィックやマウス、タイマ、FM音源など、多くの部分で問題がありすぎます。
フルスクリーンにすれば互換性の問題はかなり改善しますが、
それでも生のDOSに比べると相当遅くなるのは変わりません。
音飛びと称されている症状が、この処理速度低下に伴う症状の一つであるなら、
それは仕様です、生DOSかWin95/98のDOSモードでやってください、としか言えません。

でもWin95上のWindows用MIDI対応アプリでも"音飛び"が起きる、というのは、
お書きになられた内容だけでは原因を推測しかねます。残念ながら。

ＧＰＰＣ−ＮとＳＣ−８８ｐｒｏ（＋Ｓ−ＭＰＵ）を持っています。
ＧＰＰＣ−Ｎはうに☆さんのおっしゃる通りＳＣ−５５／ＣＭ−３００の互換品ですから、パーシャル切れを起こしている可能性が大ですね。最近のゲームは８８以降の能力を指定するものもあるようですし、インターネットのあちこちで配布されているフリーのデータもＧＳ用と名打っていてもそのほとんどがＳＣ−８８以降をさすものが多いですから。ＴＭＩＤＩでエミュレーションしてやれば若干は改善すると思いますが・・・。
　あと、Ｓ−ＭＰＵ用ドライバは使用出来ません。Ｉ／Ｆ部分はＭＰＵ９８と同等だと思うのでデフォルトでインストールされるＭＰＵ−４０１に戻してください。

ところで、題名は極力書いてくださいね。過去ログ検索で困る場合があると思うので。

ＰＳ．どなたかＧＰＰＣ−ＮＡとＧＰＰＣ−Ｎの違いについてご存知ないでしょうか？

NAは中古品で見かけたことしかありませんが、GS音源のデジタル部分が
まとめられている小基板の型番が違っていたような記憶があります。
私の手元にあるGPPC-NのはRLP-3170となっていますが、
そのNAのはより数字が大きかったような。
でもDAC以下のアナログ部分はほとんど同じだったような気がします。

なお、あの形の小基板はCM-300/500でも使われていますが、
今まで私が内部を見たCM-300２台の間で型番が違っていました。
GSマークしかない古いCM-300ではRLP-3036、
GMマークも付いている新しいCM-300ではRLP-3170でした。
両者を比べると、ファームのバグ持ち具合が微妙に違っています。
（もちろん古い方がより怪しい動きをします）